先對bam文件建立索引历筝。samtools index XXX.bam
deeptools系列01-multiBamSummary一、deeptoolsmultiBamSummary詳細(xì)介紹 官網(wǎng)說明書——deeptools multiBamSummary[https://deeptools.readt...
發(fā)簡信
IP屬地：浙江
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快準(zhǔn)狠安裝DESeq2——誰用誰知道轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)回來啦袱贮，開始新的生信之旅。 在安裝DESeq2的時(shí)候碰壁了南用，在網(wǎng)上也看了很多方法耗跛，但是好像都不咋管用口柳。缠俺。显晶。。壹士。磷雇。 先放幾張報(bào)錯圖片，也許能遇到相同報(bào)錯的朋友們躏救，可少...
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deeptools系列02-plotCorrelation（樣本相關(guān)性分析和可視化工具）一倦春、deeptoolsplotCorrelation詳細(xì)介紹 官網(wǎng)說明書——deeptools plotCorrlation[https://deeptools.readth...
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從bam文件中提取未比對上的reads——so easy!前段時(shí)間送去測序的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)拿回來了，然后做完比對之后發(fā)現(xiàn)unique_reads比對率不夠理想落剪，確保分析數(shù)據(jù)過程中沒有出錯的前提下，個(gè)人認(rèn)為實(shí)驗(yàn)過程中可能有污染尿庐。所以需...
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deeptools系列01-multiBamSummary
一忠怖、deeptoolsmultiBamSummary詳細(xì)介紹 官網(wǎng)說明書——deeptools multiBamSummary[https://deeptools.readt...
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windows本地BLAST（二）：操作及應(yīng)用
以blastn用法為例: 1、建索引： makeblastdb -dbtype nucl -in ref.fasta 注： -dbtype：序列類型抄瑟，nucl為核酸序列凡泣，pr...
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windows本地BLAST（一）：下載、安裝服務(wù)器壞了一個(gè)多星期皮假，工程師還沒來修……不能再坐以待斃了Ｐ狻！惹资！ 一贺纲、下載windows 本地BLAST具體操作流程 下載地址：ncbi-blast-2.11.0+-win64...
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Linux基礎(chǔ)操作2——壓縮和解壓縮
Linux基礎(chǔ)操作2——壓縮和解壓縮 1、gzip (gunzip) 壓縮（解壓縮）文件褪测，產(chǎn)生后綴為.gz的壓縮文件猴誊。 gzip –d file 解壓縮文件 gzip –f ...
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Linux基礎(chǔ)操作1——文件和目錄
Linux基礎(chǔ)操作1——文件和目錄一、目錄 1侮措、mkdir dirname 建立子目錄. 注意:用戶不能在一個(gè)不存在的目錄中建立子目錄懈叹。 2、mkdir data 在當(dāng)前目錄...
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讓我看看誰還不會用deeptools可視化(bcpp)
一分扎、deeptools安裝 見我寫的第一篇文章《Conda 安裝軟件萬能鏈接》：Conda安裝軟件萬能鏈接[http://www.reibang.com/p/70bd0e7...
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操作環(huán)境混亂怎么辦澄成？想安裝deeptools卻老是安裝不了…… 環(huán)境不兼容就特意給你創(chuàng)建個(gè)新環(huán)境，結(jié)果就成功安裝了 命令： 創(chuàng)建deeptools新環(huán)境：conda create -n deep...
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超詳Chip-seq分析流程一、Chip-seq分析流程 二墨状、數(shù)據(jù)卫漫、參考基因組、所需軟件下載 1歉胶、參考基因組下載： 以二穗短柄草為例： https://genome.jgi.doe.gov/portal...
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Conda 安裝軟件萬能鏈接分享一個(gè)conda安裝軟件萬能網(wǎng)站：可以直接在這里面搜索想要的軟件名稱看看是否能夠直接用conda安裝汛兜，如果可以直接復(fù)制命令進(jìn)行安裝！ 網(wǎng)址：https://anaconda...
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Trim Galore ——自動檢測adapter的質(zhì)控軟件之前分析過的測序數(shù)據(jù)通今，數(shù)據(jù)質(zhì)量都很好粥谬，給了我一個(gè)錯覺質(zhì)控的前后差別不是很大，內(nèi)心里對質(zhì)控這一步也就不是很重視辫塌，跑完質(zhì)控有時(shí)也懶得看結(jié)果漏策，拿到一批測序數(shù)據(jù)后，也總是忽略了去看測...
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作為生信菜鳥，雖然之前用 R 畫了不少圖储矩，但經(jīng)常是現(xiàn)用現(xiàn)學(xué)感耙，感覺 R 的知識不系統(tǒng)，之后系統(tǒng)的學(xué)習(xí)一下 R 語言持隧。在這里把讀書筆記整理出來即硼，入門書籍包括《R 語言編程藝術(shù)》、《ggplot2：數(shù)據(jù)分析與圖形藝術(shù)》屡拨、《R 語言實(shí)戰(zhàn)》只酥、《R 語言與 Bioconductor 生物信息學(xué)應(yīng)用》。
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記錄學(xué)習(xí)生信的點(diǎn)滴
