糊涂學Y

前面獲得的來自于不同celltype的marker布讹，或者不同cluster的marker，或者每個celltype中不同分組的差異基因训堆，上述marker構成的列表形式描验，可以直...

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加載包

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鑒定每一個cluster分組間的差異基因 group.by為分組屬性， metadata中的列名, group.1,group.2,為屬性中的兩個水平 split為拆分的類群...

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導入數(shù)據(jù)

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讀入數(shù)據(jù)： 表達數(shù)據(jù)的質量檢測 繪制表達量的密度分布圖 PCA分析 三維PCA 表達相關性分析

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加載所需包 加載函數(shù) res：分辨率越高density的單位面積越小坑鱼，根據(jù)細胞數(shù)目取值從10-100 type.1和type.2分別為sample_type的兩個因子 typ...

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1.如何通過Seurat對象獲取細胞對應的坐標? 2.如何通過Seurat對象獲取原始表達數(shù)據(jù)? 3.提取特定基因陽性表達的細胞膘流？ 4.修改tsne/umap圖的配色 5.查...

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加載需要的包 加載函數(shù) order.gene參數(shù)可選項： variable difftest 加載數(shù)據(jù)

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加載需要用的包 加載函數(shù) 加載數(shù)據(jù) group：orig.ident為樣本名，sample_type為對應的分組 comparisons：需要做檢驗的分組

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path為絕對路徑

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feature為metadata的colname中的某個屬性画恰，按照該屬性的不同因子查找marker 對不同的cell.type查找marker

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加載包 group為metadata中的某個colname彭谁，按照某個因素進行比較 comparisons為上述選擇因素中因子的不同水平，比如"condition"這個因素下允扇，...

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過濾數(shù)據(jù),至少在一個樣本中表達水平大于n缠局，exp.data是標準化的表達矩陣FPKM，RPKM 過濾數(shù)據(jù),將0的數(shù)據(jù)替換為0.001 添加表達量函數(shù) 時間序列分析 讀入數(shù)據(jù) ...