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GWAS-eQTL的共定位分析GWAS-eQTL的共定位分析模捂，聽起來是不是很高大上捶朵。當時自己也是不太清楚蜘矢，還到處找教程，腳本什么的综看。但是都無果品腹，好不容易找到一個，折騰了半天安...
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MatrixEQTL-----eQTL分析
好久沒有發(fā)簡書了红碑，去學習新技術(shù)新知識去了舞吭，實在是沒有時間！析珊！現(xiàn)在有點時間羡鸥，記錄分享一下新知識~這段時間也是被這個eQTL搞得很頭疼，現(xiàn)在終于弄出...
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chopper---過濾和質(zhì)控你的測序reads
有些時候忠寻，我們得到的測序reads惧浴，長度超過了測序平臺的最長測序量或者說長度太短了不利于進行后續(xù)的組裝，例如：HiFi測序一般在15kb~20k...
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hicPro+EndHiC(二)染色體掛載
EndHic 想比較HiC-Pro锡溯，EndHic的安裝就簡單很多赶舆，就是下載即可用 EndHiC的安裝 要用到的腳本都在文件夾下，直接調(diào)用就行 怎...
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怎么去進行基因組的組裝有很多伙伴祭饭，都在進行基因組的組裝芜茵，但是具體需要干什么，從什么地方開始倡蝙，下一步又應該做什么?并不是很了解九串。我用下面一份流程圖來簡單的說一下，整個基...
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hicPro+EndHiC(一)染色體掛載
使用hicPro+EndHiC兩個軟件寺鸥，對我們組裝得到的contig數(shù)據(jù)進行染色體的掛載猪钮，得到我們所需要的scaffold水平的基因組文件。首先...
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flye的使用（基因組組裝）
軟件介紹 Flye 是一種用于單分子測序讀數(shù)（如 PacBio 和牛津納米孔技術(shù)公司生產(chǎn)的讀數(shù)）的從頭組裝器胆建。它適用于各種數(shù)據(jù)集烤低，從小型細菌項目...
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HiCUP(Hi-C User Pipeline)軟件介紹 HiCUP是一個處理由Hi-C和捕獲Hi-C（Capture Hi-C，CHi-C）產(chǎn)生的測序數(shù)據(jù)的流程笆载，用于對HiC數(shù)據(jù)進行質(zhì)控（Q...
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基因組去冗余（二）在上一篇我們介紹了一種去冗余的方法http://www.reibang.com/p/f638ce6b7c8f,還有其他的基因組去冗余方法扑馁，可以...