在單細胞cellranger軟件建庫的時候必須要用GTF文件见秤，但是有時候有些基因組只有GFF砂竖，這時候就需要轉換一下格式。 1鹃答、GTF的格式類型 GTF3 (9 feature...
發(fā)簡信
IP屬地：海南
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GFF3 轉GTF文件 -
需要你看下變量里面具體的名稱乎澄，這里只是示例哈，
names(p@top_annotation@anno_list)
names(p@left_annotation@anno_list)Complexheatmap::pheatmap繪圖字體設置
ComplexHeatmap是一個很好用的繪制熱圖的R包测摔。這篇文章主要介紹Complexheatmap::pheatmap繪圖字體設置置济。在原函數中沒有設置字體的參數。查看有關...
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看報錯的提示锋八，是不是因為你的數據是多層數據浙于？可能需要檢查下數據的結構，看下是不是要先合并下
seurat V5升級：一些常見報錯
1挟纱、數據在不同環(huán)境中的兼容情況 目前V5版本的環(huán)境可以兼容V3版本的數據羞酗，但是V3環(huán)境中導入V5環(huán)境會報錯（缺依賴包）。目前有兩種方式新建R對象數據CreateSeuratO...
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singularity環(huán)境變量
參考： https://docs.sylabs.io/guides/3.7/user-guide/environment_and_metadata.html[https://...
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R代碼性能監(jiān)控之前買的張丹的R極客理想的這本書想起來有R性能監(jiān)控這部分的內容紊服，學習了下檀轨。 1、Rprof 首先是R自帶的Rprof包欺嗤，不需要安裝参萄，直接導入即可 by.self: 這部分顯示...
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SGE中qsub qstat的一些批量處理
這里我是使用的我另一篇文章中的function的方法，把代碼加到環(huán)境變量中煎饼。 linux alias創(chuàng)建別名及創(chuàng)建帶參數的別名（bash function[https://w...
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Pycharm的一些常用設置1拧揽、查看本地文件編輯歷史（可回退） 首先點擊需要查看的文件，然后在File / Local History / Show History進行查看，可以看到自己編輯的歷史淤袜，還可...
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富集分析clusterProfiler包新加數據庫（已有庫安裝）
富集分析的常用包clusterProfiler痒谴，一般都是安裝人和小鼠的數據庫來進行分析注釋。這篇文章將介紹一下非人鼠的物種如何安裝目前支持的數據庫铡羡。OrgDb目前有20個物種...
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seurat v5整合步驟報錯處理
參考：https://satijalab.org/seurat/articles/seurat5_integration[https://satijalab.org/seur...
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seurat V5升級：一些常見報錯1积蔚、數據在不同環(huán)境中的兼容情況 目前V5版本的環(huán)境可以兼容V3版本的數據，但是V3環(huán)境中導入V5環(huán)境會報錯（缺依賴包）烦周。目前有兩種方式新建R對象數據CreateSeuratO...
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Seurat V5升級：sketch-based分析后DotPlot圖報錯解決最近在研究seurat v5的數據處理尽爆。測試的時候發(fā)現使用seurat v5包對大數據進行sketch-based抽樣分析之后，后續(xù)使用DotPLit進行繪圖的時候會報錯： ...
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評論發(fā)不了读慎，我私信你
My crochet designer軟件繪制編織圖解教程
當【野生】織女們突然有個不錯的idea的時候漱贱，往往也想像編織書里面一樣記錄一下自己的編織圖解，但是不知道怎么上手夭委。我在網上也查了很多資料幅狮，介紹繪制編織圖解的文章的確鳳毛麟角。...
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My crochet designer軟件繪制編織圖解教程
當【野生】織女們突然有個不錯的idea的時候慌烧，往往也想像編織書里面一樣記錄一下自己的編織圖解逐抑，但是不知道怎么上手。我在網上也查了很多資料屹蚊，介紹繪制編織圖解的文章的確鳳毛麟角厕氨。...
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空間信息在空間轉錄組中的運用桑基圖在單細胞數據探索中的應用[http://www.reibang.com/p/a7a6b8b11e3c]熱圖在單細胞數據分析中的應用[https://www.jians...
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嗯嗯汹粤，這里的width和height的設置其實可以看做是一個公式
Heatmap(mat, name = "mat",
width = ncol(mat)*unit(5, "mm"),
height = nrow(mat)*unit(5, "mm"))
參考截圖中的設置命斧，這里的5其實就是cellwidth和cellheight的大小，可以調整的Complexheatmap::pheatmap圖cell尺寸設置
首先放出參考鏈接： https://jokergoo.github.io/2020/05/11/set-cell-width/height-in-the-heatmap/[h...
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shc加密shell腳本
1玄括、下載安裝 2冯丙、加入環(huán)境變量及測試 3肉瓦、結果使用 運行完成后會在腳本同路徑下生成一個*.x和*.x.c遭京，分別表示加密后的可執(zhí)行文件和可執(zhí)行文件的原文件（C語言）我們使用*....
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cellranger參考數據庫gtf過濾（替換和刪除）
cellranger在建庫之前，有時候需要對GTF文件進行編輯修改泞莉。 比如為了后續(xù)在Seurat中使用正則匹配去除線粒體的基因哪雕，就需要修改原來GTF中的線粒體基因symbol...