1、前期準(zhǔn)備 創(chuàng)建并打開編譯目錄 mkdir /home/software/llvm-project && cd/home/software/llvm-project 下載l...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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clang16.0.0編譯安裝（centos）
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Centos切換國內(nèi)鏡像
1、查看CentOS鏡像版本 1.1 查看系統(tǒng)版本 uname -a 結(jié)果如下 Linux bogon 3.10.0-1127.el7.x86_64 #1 SMP Tue M...
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Git clone報(bào)錯(cuò)問題(centos)
問題： git clone https://github.com/github/gitignore.git正克隆到 'gitignore'...fatal: unable t...
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cellassign安裝教程（Windows+Centos）cellassign基于Marker基因信息將單細(xì)胞RNA測(cè)序獲得的細(xì)胞分型匹配到已知細(xì)胞類型舟扎。與其他從單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)中確定細(xì)胞類型的方法不同，cellassign...
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sample_one_index = sample_one_index.rename(columns={'CellID': 'Barcodes'})
感覺這個(gè)地方是個(gè)坑啊??使用scVelo進(jìn)行RNA velocity分析-01
scVelo于2020年發(fā)表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]修陡，...
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scvelo 包安裝教程（RNA速率分析）1硫麻、問題的出現(xiàn) # 安裝依賴pip install anndata scanpy numpy scipy pandas scikit-learn matplotlib# 正式...
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@七茶茶 對(duì)單個(gè)樣本使用cellranger count后弟断，outs目錄會(huì)出現(xiàn)possorted_genome_bam.bam，velocyto可以利用這個(gè)文件生成loom文件龄恋，loom文件應(yīng)該包含spliced, unspliced, ambiguous三個(gè)數(shù)據(jù)集疙驾，分別對(duì)不同樣本的這三個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行合并就行
單細(xì)胞之軌跡分析-4：scVelo
軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 單細(xì)胞之軌跡分析-2：mono...
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這個(gè)網(wǎng)名我真的經(jīng)常用于代碼中，但是你不是做單細(xì)胞測(cè)序的啊??
RNAvelocity系列教程6：# scVelo用于RNA 速率基本流程
scVelo用于RNA 速率基本流程 在這里郭毕，您將學(xué)習(xí)RNA速率分析的基本流程它碎。 示例數(shù)據(jù)菜用胰腺發(fā)育數(shù)據(jù)集，其譜系包含四個(gè)主要細(xì)胞命運(yùn)：α显押、β扳肛、δ和ε細(xì)胞。有關(guān)詳細(xì)信息乘碑，請(qǐng)...
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不用單獨(dú)構(gòu)建環(huán)境挖息，把依賴安裝好就行??
Vecyloto.R的安裝（碰壁無數(shù)次，終于成功）
（文中引用了一些其他作者的教程兽肤，如果是不允許轉(zhuǎn)載的請(qǐng)私信告知我旋讹，我會(huì)立即刪除，謝謝）velocyto用于單細(xì)胞數(shù)據(jù)的分析（RNA速率分析）的工具轿衔。除了常用的擬時(shí)序軌跡分析，R...
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Centos+Windows10系統(tǒng) velocyto.R 包安裝（RNA速率分析）眾所周知睦疫，velocyto是一個(gè)python軟件包害驹，在單細(xì)胞分析過程中，主要使用的是R語言編寫代碼進(jìn)行分析蛤育，如果在單細(xì)胞速率分析時(shí)加入python宛官，代碼便不方便整理。為此瓦糕，v...
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
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美女學(xué)霸咕娄，請(qǐng)問這篇文章用的是類器官嘛亥揖？
文獻(xiàn)學(xué)習(xí)103--Mitochondria 是活化單核細(xì)胞釋放的 a Subset of Extracellular Vesicles 可以誘導(dǎo)內(nèi)皮細(xì)胞 Type I IFN 和 TNF 反應(yīng)
1. LPS-Stimulated THP-1 Monocytic Cells Release Proinflammatory Microvesicles Enriched ...
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自己打才能記得住Ｊダ铡７驯洹！
單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操
軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
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Matrix退回上一版
單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操
軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
