刷微信公眾號(hào)時(shí)弦疮，翻到《火山圖|給你geneList, 幫我標(biāo)注到火山圖上》的推文赃蛛，剛好最近在做火山圖，下面就來一起學(xué)習(xí)洒试。如有疑問請(qǐng)翻閱原文茅糜，在最下面參考鏈接猿推。 核心點(diǎn)：將不需...
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【R>>volcan】任意genelist，標(biāo)注到火山圖 -
GSEA軟件的二次作圖我們知道莺葫，用GSEA的java軟件分析的結(jié)果之后匪凉，默認(rèn)的圖是png，而且只有72 dpi捺檬，比如下面這樣的 其實(shí)顏值也還好再层，但是很模糊，這是很不方便用于發(fā)文章的堡纬，那么有沒有一些...
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使用log2FC排序的基因集進(jìn)行GSEA分析目前做GSEA主要有兩種辦法聂受，一種是使用GSEA的java軟件，另一種是使用R語言包烤镐，當(dāng)時(shí)還有在線的工具做GSEA的數(shù)據(jù)也有兩種蛋济，一種是有基因表達(dá)矩陣和分組，另一種是使用兩列...
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首次揭示 SLC22A12 可能是抑制 ccRCC 進(jìn)展的診斷和預(yù)后生物標(biāo)志物Low Expression Levels of SLC22A12 Indicates a Poor Prognosis and Progresses Clear Cell ...
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Seurat對(duì)象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)1炮叶、標(biāo)準(zhǔn)流程里面的過濾三步驟瘫俊，也可以用 SCTransform 代替 Seurat基本教程[Seurat%E5%9F%BA%E6%9C%AC%E6%95%99%E7%A8%8...
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RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（一）：上游數(shù)據(jù)下載、格式轉(zhuǎn)化和質(zhì)控清洗本節(jié)概覽：1.在文章中找到 GEO accession number, 從NCBI獲取數(shù)據(jù)SRR號(hào)2.在linux中使用prefetch命令根據(jù)SRR號(hào)下載SRA文件3.使用...
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R語言~高級(jí)PCA分析主成分分析悴灵，不只需要找到幾個(gè)虛擬但不知具體為何物的主成分因子，還需要知道我們提供的變量在各個(gè)主成分因子上的載荷（有正有負(fù)）和貢獻(xiàn)度骂蓖，以及具體保留多少個(gè)主成分因子才能既盡量保留...
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跟著Genes|Genomes|Genetics學(xué)數(shù)據(jù)分析：R語言edgeR包做轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)分析論文 Sex-Specific Co-expression Networks and Sex-Biased Gene Expression in the Salmonid B...
