數(shù)據(jù)庫背景介紹 TCGA妹萨，全稱：The cancer genome altas官網(wǎng)：https://cancergenome.nih.gov/[https://cancerg...
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2021-04-29 TCGA與GTEX數(shù)據(jù)下載 -
bedGraph，bed以及bam文件格式轉(zhuǎn)換
感興趣的基因信息包含在bedGraph文件中炫欺，下面命令是對(duì)其文件格式進(jìn)行轉(zhuǎn)換乎完，一般進(jìn)行到bam文件可視化的效果比較好。 1. bedGraph轉(zhuǎn)bed文件 BedGraph ...
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RNA-seq 分析流程 —— 概述前言 接下來我們要介紹的是 RNA-seq 數(shù)據(jù)的處理分析流程品洛，根據(jù) RNA-seq 測(cè)序技術(shù)的不同树姨，可以分為三種： short-read long-read direct ...
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文獻(xiàn)閱讀：細(xì)胞異質(zhì)性的表觀遺傳學(xué)基礎(chǔ)這篇文獻(xiàn)是今年的11月發(fā)表在Nature reviews上的一篇綜述，題目是The epigenetic basis of cellular heterogeneity桥状。主要...
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如何利用單細(xì)胞測(cè)序研究乳腺發(fā)育分化
乳腺上皮細(xì)胞（mammary epithelial cells帽揪，MECs）結(jié)構(gòu)特征以及發(fā)育過程中如何受到調(diào)控，對(duì)于理解乳腺癌發(fā)生至關(guān)重要辅斟。 本研究利用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄測(cè)序（Sing...
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RNA-seq 數(shù)據(jù)分析最佳實(shí)戰(zhàn)（綜述）知識(shí)的學(xué)習(xí)沒有一蹴而就转晰，沒有捷近，扎實(shí)的學(xué)習(xí)是唯一的捷近士飒。 一篇RNA-seq分析流程的綜述查邢，全面而詳細(xì)！深度好文酵幕，可用來反復(fù)閱讀扰藕。初學(xué)者用于把握RNA-seq真?zhèn)€流程及各個(gè)...
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deepTools 使用指南deepTools 是一套基于python開發(fā)的工具，適用于有效處理分析高通量測(cè)序數(shù)據(jù)裙盾，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq实胸。 #1. deepT...
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ChIP-seq實(shí)踐（非轉(zhuǎn)錄因子，非組蛋白）在實(shí)戰(zhàn)之前番官，首先對(duì)CHIP-seq分析做一些了解庐完，以下是從各個(gè)地方copy過來綜合起來的，有些散亂徘熔，是我認(rèn)為重要以及應(yīng)該了解的知識(shí)點(diǎn)门躯。chip-seq 實(shí)戰(zhàn)就跟在轉(zhuǎn)錄組和外顯...
