my ChIP-seq - 專題

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my ChIP-seq

收錄了12篇文章 · 7人關(guān)注

MEME:motif分析的綜合性工具
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊(cè)”! MEME是一個(gè)motif分析的工具箱悼吱，提供了多種相關(guān)工具，網(wǎng)址如下 http://meme-suite.org/in...

1.6 生信修煉手冊(cè) 2 37
高通量測序數(shù)據(jù)處理學(xué)習(xí)記錄（四）：DeepTools學(xué)習(xí)筆記
前言開題啦，所以需要整合自己之前處理過的數(shù)據(jù)包括可視化作圖，在GALAXY上翻到DeepTools正好有著一點(diǎn)用處，適當(dāng)?shù)母懔艘徊ㄊ虑椋槑в?..

3.1 面面的徐爺 1 28

第10篇：ATAC-Seq、ChIP-Seq缴允、RNA-Seq整合分析
由于基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制的復(fù)雜性，多種組學(xué)數(shù)據(jù)的整合分析珍德，從不同的層面探究生物問題越來越重要练般。從RNA-Seq層面，我們可以探究哪些基因具有顯著差異...

3.1 六六_ryx 0 52 1
ChIP-seq基礎(chǔ)入門
理解ChIP-Seq 到了目前這個(gè)水平锈候，我學(xué)習(xí)新的高通量數(shù)據(jù)分析流程時(shí)已經(jīng)不再考慮代碼應(yīng)該如何寫的問題了薄料。我更多要去考慮一個(gè)技術(shù)的目的和意義。 ...

6.5 xuzhougeng 11 153
如何使用MACS進(jìn)行peak calling
MACS2是peak calling最常用的工具泵琳。 callpeak用法這是MACS2的主要功能摄职，因?yàn)镸ACS2的目的就是找peak誊役，其他功能...

3.1 xuzhougeng 5 46
R-loop數(shù)據(jù)分析之R-ChIP(樣本間BAM比較和可視化)
樣本間相關(guān)性評(píng)估上一步得到各個(gè)樣本的BAM文件之后，就可以在全基因組范圍上看看這幾個(gè)樣本之間是否有差異谷市。也就是先將基因組分成N個(gè)區(qū)間蛔垢，然后用統(tǒng)...

1.5 xuzhougeng 0 16 1
如何使用ChromHMM鑒定染色質(zhì)狀態(tài)
趁著零碎的時(shí)間整理了下ChromHMM的相關(guān)內(nèi)容。 ChromHMM是基于ChIP-seq組蛋白數(shù)據(jù)檢測染色質(zhì)狀態(tài)的工具迫悠。基因組區(qū)域特定的組蛋...

1.2 浩渺予懷 2 13

ChIP-seq分析的數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)
以下羅列了ChIP-seq數(shù)據(jù)分析中的ENCODE標(biāo)準(zhǔn)鹏漆，針對(duì)不同的免疫共沉淀類型有不同的標(biāo)準(zhǔn)，以下從組蛋白和轉(zhuǎn)錄因子2個(gè)方向介紹：一及皂、組蛋白 ...

0.4 浩渺予懷 0 8
deeptools可視化
ref1：deeptools輔助CHIP-seq數(shù)據(jù)分析-可視化 | 生信菜鳥團(tuán) ref2：如何使用deeptools處理BAM數(shù)據(jù) - 生信技...

0.7 蘇牧傳媒 3 12
第2篇：原始數(shù)據(jù)的質(zhì)控甫男、比對(duì)和過濾
這部分內(nèi)容包括對(duì)原始測序數(shù)據(jù)質(zhì)控，然后比對(duì)過濾验烧，這是所有NGS數(shù)據(jù)處理的上游分析。 ATAC-Seq與其他方法不同的一點(diǎn)是需要過濾去除線粒體（如...

1.6 六六_ryx 1 38