前言 GATK是由Broad institute開發(fā)的用于變異檢測(例如: SNP, Indel等)高通量測序數(shù)據(jù). 目前GATK已經(jīng)被廣泛應用...
投稿
收錄了14篇文章 · 16人關注
-
GATK Best Practices for RNA-Seq -
conda的安裝與使用 2.0版（2022-08-12更新）有很多的生信軟件都可以通過conda安裝，省去了很多的安裝、修bug的煩惱皆串。經(jīng)常是安裝到崩潰的軟件惭聂，conda一行命令就搞定了杭朱。前兩天有個胖友問...
-
NGS中的幾個為什么(持續(xù)更新)
參考試論NGS數(shù)據(jù)的Duplication問題初步分析PCR duplication的情況仔細探究samtools的rmdup是如何行使去除PC...
-
ID轉(zhuǎn)換之---ID是什么,BioMart咋轉(zhuǎn)闻镶？ID轉(zhuǎn)換傍菇？系統(tǒng)了解下ID ENSEMBL ID五部分組成：ENS（物種）（對象類型）（標識符）.（版本）第一部分“ENS”告訴您它是一個Ense...
-
5 一步法找基因變異流程
1 先查看sam文件 隨機選擇3個 再看另外一個： 關于samtools mpileup的具體用法和結(jié)果解釋請看 2 最簡單的找變異流程 ali...
-
ATAC-seq分析實操生信技能樹健明教程放在最前面的參考鏈接：給學徒的ATAC-seq數(shù)據(jù)實戰(zhàn)（附上收費視頻) 數(shù)據(jù)來源的文章： The landscape of accessible...
-
Bedtools使用歡迎關注天下博客：http://blog.genesino.com/2018/04/bedtools/Jump to... 內(nèi)容摘要 功能列表 ...
-
WGS分析筆記（3）—— bam文件的處理??上一篇記錄了mapping這一步的軟件選擇谍椅，也講到了對于sam文件如何考慮MAPQ的過濾误堡，這篇我主要想記錄一下bam文件在進行call va...
-
GATK4.0的更新從去年開始，就一直在使用GATK（GenomeAnalysisToolkit）進行人類基因組的SNV Calling工作雏吭。后來從官網(wǎng)上得知即將有...
-
GATK4全基因組數(shù)據(jù)分析最佳實踐,我以這篇文章為標志,終結(jié)當前WGS系列數(shù)據(jù)分析的流程主體問題 | 完全代碼這是我根據(jù)之前的WGS系列和GATK4實踐文章進行重新梳理之后確定下來的分析流程锁施，這是一個WGS的最佳實踐，它基于GATK4和我的實際經(jīng)驗杖们，稍作...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1711708/crop1548041654188.jpg', '推薦專題《高通量測序數(shù)據(jù)處理》（ 分享自 @簡書 ）','http://www.reibang.com/c/14f3bc38ad71?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁面編碼gb2312|utf-8默認gb2312'));){kind=link}