第一個任務：任意物種拿到轉(zhuǎn)錄本ID 與基因ID的對應關系列表 從ensemble數(shù)據(jù)庫中下載了Human的基因組注釋文件gtf文件 1.下載Hu...
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2019-07-31如何獲取轉(zhuǎn)錄本ID和基因ID的對應關系--生信技能樹 -
Trinotate 半自動快速安裝與部署Trinotate半自動化安裝與部署睛约，繞過wget那可憐的下載網(wǎng)速鼎俘。因為自動配置數(shù)據(jù)庫部分用到了wget ，我租用的服務器上wget 下載過慢辩涝，...
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DESeq2差異分析need:表達矩陣 分組矩陣贸伐，值要是整數(shù) DESeq2和EdgeR都可用于做基因差異表達分析，主要也是用于RNA-Seq數(shù)據(jù)膀值，同樣也可以處理類似...
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在stringtie結(jié)果中提取count/fpkm/tpm matrix
stringtie官網(wǎng)[http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual]提...
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DESeq2差異基因分析和批次效應移除差異基因鑒定 基因表達標準化 不同樣品的測序量會有差異棍丐，最簡單的標準化方式是計算counts per million (CPM)，即原始read...
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FDR 和 q-value
| 轉(zhuǎn)載自G. Corey Shan 的 FDR 和 q-value 最近在做一個肝癌預測的項目沧踏，建模使用的數(shù)據(jù)源在The Cancer Gen...
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RNA-seq(9):功能富集分析這部分開始進行基本的富集分析歌逢，兩類 A：差異基因富集分析（不需要表達值，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不...
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[基因組工具]seqkit的使用
SeqKit的學習 --20191017 軟件的介紹 SeqKit是一種跨平臺的翘狱、極快的秘案，全面的fasta/q處理工具。SeqKit為所有的主流...
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教程 | 簡單粗暴的葉綠體基因組 SNP Calling 流程寫在前面 最近主要忙一些植物群體基因組數(shù)據(jù)的項目潦匈。前面提過阱高，趕時間，全基因組的 SNP Calling 使用 GATK 流程茬缩，還是需要跑上兩三天...
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多個Sanger測序結(jié)果和多序列比對結(jié)果的可視化寫在前面 轉(zhuǎn)眼五一假期就要結(jié)束赤惊。事實上，在每一個假期凰锡，我總是有一些想做的事情未舟，比如完成某個分析任務圈暗？或者是寫一個不錯的工具。今次假期比較特殊裕膀，我...
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