最近在使用AnnotationHub下載Orgdb數(shù)據(jù)時(shí)遇到了一個問題，使用模塊更新數(shù)據(jù)后發(fā)現(xiàn)日期停留在了2018年，數(shù)據(jù)沒有更新。現(xiàn)在很多分析...
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更新AnnotationHub對應(yīng)數(shù)據(jù)庫
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cytoscape繪制互作網(wǎng)絡(luò)圖
對于蛋白網(wǎng)絡(luò)互作圖，一開始會首先使用string數(shù)據(jù)庫進(jìn)行分析河质，但是礙于數(shù)據(jù)庫中收錄的物種限制，有些物種并不能做。此時(shí)可以考慮使用cytosca...
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長染色體bam索引創(chuàng)建及變異檢測
在變異檢測的所有階段惩坑，都需要對文件進(jìn)行索引，不管是輸入的基因組文件也拜，還是輸出的比對結(jié)果和變異結(jié)果文件以舒。不同的軟件處理會生成不同的索引，供后續(xù)不同...
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gatk4使用總結(jié)
昨天看了gatk的官網(wǎng)慢哈，從2018年發(fā)布正式版的4.0.0開始蔓钟，到現(xiàn)在已經(jīng)更新到4.1.8，在速度和準(zhǔn)確度上都有了大幅的提升卵贱。gatk4除了整合...
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bwa比對結(jié)果(bam/sam)中的cigar信息
bwa全名Burrow-Wheeler Aligner滥沫，是一款將短測序序列比對到參考基因組的軟件侣集。主要包括三種算法，分別是BWA-backtra...
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多款軟件進(jìn)行vcf合并-gatk兰绣、vcftools世分、bcftools
vcf文件儲存的是樣本的變異信息文件，在同一批次分析中缀辩，如果不是采用joint calling的方式進(jìn)行分析臭埋，最終會獲得單個樣本的變異數(shù)據(jù)。這種...
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