發(fā)簡信
IP屬地：河北
-
Kraken2建庫及使用
Kraken軟件可以通過序列對樣本進行物種注釋曹质，kraken2在該軟件基礎之上做了一些更新蹂随，其中包括注釋的加速搅方、支持氨基酸序列的注釋等其他特性添寺。...
-
python正則表達式及re模塊的使用
正則表達式使用一些既定的表達式來實現(xiàn)文本檢索和其他字符串處理的功能奶卓，在python中晴音，re模塊可以使用正則表達式能夠快速的提取目標文本肘交、文本替換...
-
核苷酸/氨基酸序列聚類去重Cd-hit
我們在分析測序數(shù)據(jù)或者下載數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)時，經(jīng)常需要合并數(shù)據(jù)唆缴。期間不可避免的出現(xiàn)重復序列鳍征，為了減少減少后續(xù)資源的使用，更快速地分析數(shù)據(jù)面徽，往往需要先對...
-
NCBI的Remap工具停用隨著測序技術的普及和組裝技術的完善艳丛，物種基因組版本更新很快。如果我們手頭的數(shù)據(jù)是使用老版本基因組分析的結果趟紊，可以使用現(xiàn)成的工具直接轉(zhuǎn)換（轉(zhuǎn)換會有...
-
[基因家族鑒定] hmmsearch結果解讀
在基因家族分析中氮双，hmmsearch用來在很多候選序列中尋找具有某種基因家族結構域的蛋白。在尋找時霎匈，需要提供基因家族對應的隱馬模型戴差。前段時間給大...
-
基因家族數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站更新：pfam to InterPro在基因家族分析中，通過pfam數(shù)據(jù)庫檢索獲得已知基因家族的hmm模型(隱馬模型)是必不可少的一步铛嘱，最近發(fā)現(xiàn)pfam數(shù)據(jù)庫有變動造挽，和大家分享一下。...
-
使用長讀長測序reads進行基因組組裝-miniasm
三代測序因為長讀長的特點弄痹，在基因組組裝方面有明顯的優(yōu)勢饭入。今天給大家介紹一款基因組組裝軟件，miniasm肛真。該軟件可用于Pacbio和ONT兩個平...
-
blast本地比對輸出結果
之前寫過一篇如何使用blast+套件進行本地blast庫的創(chuàng)建及比對谐丢，今天跟大家聊聊比對結果的輸出格式。 比對命令 通過outfmt參數(shù)指定輸出...
-
blast本地比對輸出結果
之前寫過一篇如何使用blast+套件進行本地blast庫的創(chuàng)建及比對蚓让，今天跟大家聊聊比對結果的輸出格式乾忱。 比對命令 通過outfmt參數(shù)指定輸出...