本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程垦搬,參考了最新的文檔。第一全的還在路上胸墙,會出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測序分析實戰(zhàn)班上,...
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WGCNA其譯為加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析蚊锹。該分析方法旨在尋找協(xié)同表達的基因模塊(module)咧虎,并探索基因網(wǎng)絡(luò)與關(guān)注的表型之間的關(guān)聯(lián),以及網(wǎng)絡(luò)中的...
I. Network analysis of liver expression data from female mice: finding m...
劉小澤寫于18.10.24最近開始寫第一篇英文小論文喇辽,練練手掌挚,為將來寫英文大論文做準備 目錄 1 背景 Background Types of ...
這篇文章更多的是對于混亂的中文資源的梳理,并補充了一些沒有提到的重要參數(shù)菩咨,希望大家不會踩坑吠式。 1. 簡介 1.1 背景 WGCNA(weight...
劉小澤寫于18.10.10很早就見過它抽米,但只是不明覺厲特占,直到昨天才開始認真了解是這樣的:昨天上午看了一篇文獻,講冠心病的基因共表達分析云茸,簡而言之...
什么是WGCNA 1 樣本聚類是目,查看是否有離群值 2. 找構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)合適的閾值 左圖縱軸:相關(guān)系數(shù)的平方,越高說明該網(wǎng)絡(luò)越逼近無網(wǎng)絡(luò)尺度的分布标捺。右...
生信菜鳥團https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMTEwODk0Ng==&mid=2247484540&id...
原理:WGCNA算法首先假定基因網(wǎng)絡(luò)服從無尺度分布懊纳,并定義基因共表達相關(guān)矩陣、基因網(wǎng)絡(luò)形成的鄰接函數(shù)亡容,然后計算不同節(jié)點的相異系數(shù)嗤疯,并據(jù)此構(gòu)建分層...
現(xiàn)在做轉(zhuǎn)錄組測序,看看差異基因闺兢,做做富集分析茂缚,再討論下差異基因功能與自己研究性狀或處理之間的關(guān)系,最后加簡單的qPCR驗證,這樣的數(shù)據(jù)發(fā)SCI影...