參考1：http://www.reibang.com/p/68f7b663c5ff[http://www.reibang.com/p/68f...
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使用AnnotationForge包自定義Orgdb包 -
GTF/GFF文件的差異及其相互轉(zhuǎn)換我們在做生物分析的時候辱士，經(jīng)常會碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注釋文件抖坪。他們有著相似的名字璧榄，甚至連內(nèi)容都極為相似~那么旨指，他們究竟差在哪里呢张抄？...
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「RNA-seq分析軟件」RNA-seq比對工具STAR學(xué)習(xí)筆記STAR 軟件安裝 軟件的GitHub地址為https://github.com/alexdobin/STAR, 下載頁面為https://gi...
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第2周：RNA-seq數(shù)據(jù)分析最佳實踐原文來源：Conesa A, Madrigal P, Tarazona S, et al. A survey of best practices...
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轉(zhuǎn)錄組有參分析之STAR比對及可變剪切
轉(zhuǎn)錄組有參分析之STAR比對及可變剪切 STAR比對的特點： 速度快 準(zhǔn)確度高 3'reads soft clip genomeLoad Loa...
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如何對基因組序列進行注釋基因組組裝完成后孤页，或者是完成了草圖丛晦，就不可避免遇到一個問題奕纫，需要對基因組序列進行注釋。注釋之前首先得構(gòu)建基因模型烫沙，有三種策略： 從頭注釋(de ...
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安裝Aspera Connect工具下載sra數(shù)據(jù)
比較悲催的是現(xiàn)在下不了匹层，查了很多沒有找到解決辦法 加上一個端口參數(shù) -P 33001，貌似可以下載了（今天2019.5.23晚上在摸索下） 一斧吐、...
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理解sam 與bam 文件參考：堿基礦工生信學(xué)苑 通常我們可能會看到.cram又固，.sam，.bam等多種序列比對的文件煤率，其實他們的本質(zhì)都源于sam仰冠。bam 是sam 則是...
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高速下載測序數(shù)據(jù)（SRA，F(xiàn)astq等）
一蝶糯、測試環(huán)境及工具 Linux（Ubuntu 18.04.1） Aspera （Aspera Connect version 3.9.9.177...
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【RNA-seq基礎(chǔ)】無參組裝的轉(zhuǎn)錄本fasta轉(zhuǎn)換生成gtf文件目的 一個新的物種（沒有參考基因組）用Trinity從頭組裝得到的轉(zhuǎn)錄本fasta文件洋只，需要將其轉(zhuǎn)換成gtf文件 思路 用http://www....
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