生信分析流程 - 專題

投稿

生信分析流程

收錄了18篇文章 · 4人關注

Olink蛋白質(zhì)組—初見
生物質(zhì)譜法是蛋白質(zhì)組學研究中最常用的方法谁鳍，作為蛋白質(zhì)組學研究中的扛把子够滑，它具有高分辨率匆骗、高靈敏度弊添、高準確度陆错、鑒定蛋白質(zhì)翻譯后修飾位點等優(yōu)點胰丁。但對...

0.4 生信助手 4 3
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—Count轉(zhuǎn)換為FPKM或TPM
Count：高通量測序中比對到exon上的reads數(shù)福荸。可以使用featureCounts还栓、HTseq-count等軟件進行計算 FPKM：全稱...

0.1 生信助手 2 1

轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—PPI網(wǎng)絡構(gòu)建
在得到我們感興趣的基因集后碌廓，除了對其進行GO等富集分析查看與什么重要的生物學通路相關，還可以進行PPI蛋白互作網(wǎng)絡（PPI, Protein-P...

0.4 生信助手 4 7
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—clusterProfiler富集分析
差異分析之后剩盒，為了了解我們獲取的差異基因的功能及參與的生物學進程谷婆，我們需要對差異基因進行功能富集分析×闪模基因富集分析（gene set enric...

0.4 生信助手 8 3
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—DEseq2差異分析
轉(zhuǎn)錄組測序的目的之一纪挎，就是探索組間顯著表達變化的基因——差異表達基因。那么跟匆，如何基于轉(zhuǎn)錄組測序獲得的定量表達值异袄，識別差異表達變化的基因或其它非編...

0.4 生信助手 6 6
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—Salmon定量
salmon是一款不基于比對而直接對基因進行定量的工具，適用于轉(zhuǎn)錄組玛臂、宏基因組等分析烤蜕。其優(yōu)勢是：定量時考慮到不同樣品中基因長度的改變（比如不同...

0.2 生信助手 6 2
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—HTseq定量
HTSeq作為一款可以處理高通量數(shù)據(jù)的python包，由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Hub...

1.2 生信助手 5 9

如何鑒定數(shù)據(jù)的建庫方式（鏈特異性或非鏈特異性）
來自SRA的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)迹冤，很多文章方法描述簡單讽营，無法判斷是否為鏈特異性數(shù)據(jù)，導致在mapping和raw reads count時參數(shù)不知如何選擇...

2.5 生信助手 4 5
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—STAR比對
最近使用了另一個很火的比對軟件：STAR泡徙。STAR在比對速度上勝過其他比對器50多倍橱鹏，在一個普通的12核服務器上，每小時比對5.5億2 x 76...

0.2 生信助手 4 2
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—Hisat2比對
Hisat2與STAR一樣，是一款比對軟件蚀瘸。它使用了基于BWT和Ferragina-manzini (Fm) index 兩種算法的索引框架狡蝶。H...

0.3 生信助手 6 4