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Olink蛋白質(zhì)組—初見生物質(zhì)譜法是蛋白質(zhì)組學研究中最常用的方法闷供，作為蛋白質(zhì)組學研究中的扛把子锈津，它具有高分辨率、高靈敏度簿训、高準確度、鑒定蛋白質(zhì)翻譯后修飾位點等優(yōu)點晰房。但對...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—Count轉(zhuǎn)換為FPKM或TPM
Count：高通量測序中比對到exon上的reads數(shù)滨嘱。可以使用featureCounts灿椅、HTseq-count等軟件進行計算 FPKM：全稱...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—PPI網(wǎng)絡構(gòu)建在得到我們感興趣的基因集后套蒂，除了對其進行GO等富集分析查看與什么重要的生物學通路相關，還可以進行PPI蛋白互作網(wǎng)絡（PPI, Protein-P...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—clusterProfiler富集分析差異分析之后茫蛹，為了了解我們獲取的差異基因的功能及參與的生物學進程操刀，我們需要對差異基因進行功能富集分析∮ね荩基因富集分析（gene set enric...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—DEseq2差異分析轉(zhuǎn)錄組測序的目的之一骨坑，就是探索組間顯著表達變化的基因——差異表達基因。那么柬采，如何基于轉(zhuǎn)錄組測序獲得的定量表達值卡啰，識別差異表達變化的基因或其它非編...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—Salmon定量salmon是一款不基于比對而直接對基因進行定量的工具静稻，適用于轉(zhuǎn)錄組、宏基因組等分析匈辱。其優(yōu)勢是： 定量時考慮到不同樣品中基因長度的改變（比如不同...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—HTseq定量HTSeq作為一款可以處理高通量數(shù)據(jù)的python包振湾，由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Hub...
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如何鑒定數(shù)據(jù)的建庫方式（鏈特異性或非鏈特異性）
來自SRA的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，很多文章方法描述簡單亡脸，無法判斷是否為鏈特異性數(shù)據(jù)押搪，導致在mapping和raw reads count時參數(shù)不知如何選擇...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—STAR比對最近使用了另一個很火的比對軟件：STAR。STAR在比對速度上勝過其他比對器50多倍浅碾，在一個普通的12核服務器上大州，每小時比對5.5億2 x 76...