最近文章要求原始數(shù)據(jù)上傳NCBI數(shù)據(jù)庫，小白摸索了一路總算有了點(diǎn)認(rèn)識(shí)哈哈~寫下來當(dāng)做筆記芋簿。 1.賬號(hào) 首先我們要登錄NCBI網(wǎng)站，見圖1右上角，...
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NCBI數(shù)據(jù)庫Fastq原始序列上傳和登錄號(hào)獲取 -
【比較基因組】共線性分析（JCVI）比較基因組學(xué)中，共線性的分析的圖無疑是很漂亮的贮喧。 共線性分析可以很好地解釋進(jìn)化關(guān)系和多倍化事件。上一篇介紹了怎么利用MCScanX來做共線性分析...
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GTF與GFF文件格式的區(qū)別與轉(zhuǎn)換
GTF與GFF文件都是用于存儲(chǔ)注釋信息的文本類型，經(jīng)常可以看到二者格式之間的相互轉(zhuǎn)換抚岗。二者的名字相似，連內(nèi)容都極為相似谓形，那么二者的差異究竟在哪里...
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R語言里做基因組共線性可視化R包~GENESPACE論文 GENESPACE: syntenic pan-genome annotations for eukaryotes https://www...
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BUSCO評(píng)估基因組組裝和完整性BUSCO是Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs（通用單拷貝同源基因基準(zhǔn)）的縮寫，基于基因進(jìn)...
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mcmctree估算物種分歧時(shí)間推斷物種系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系以及分歧時(shí)間對(duì)探討物種起源與演化具有重要意義状共。通過最大似然法（ML）構(gòu)建物種進(jìn)化樹以及估算物種分化時(shí)間在比較基因組學(xué)的研究進(jìn)...
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基于參考基因組的基因組組裝和注釋
將基因組組裝到染色體水平無非就是兩種方式： 獨(dú)立組裝（de novo）套耕； 基于參考基因組的組裝（reference-guided）谁帕，即基于近緣或...
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利用3D-DNA掛載基因組使用二代數(shù)據(jù)或三代數(shù)據(jù)得到contig后峡继，下一步就是將contig提升到染色體水平。對(duì)于二倍體物種而言匈挖，目前3D-DNA應(yīng)該是組裝效果最好的一個(gè)...
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HiC-Pro: Hi-C數(shù)據(jù)預(yù)處理高效工具
本文可在 http://xuzhougeng.top/archives/hic-pro-an-optimized-and-flexible-pi...
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最詳細(xì)的HiC-Pro使用記錄及結(jié)果解讀Hi-C技術(shù)通過交聯(lián)等實(shí)驗(yàn)步驟獲得空間上相連的DNA片段碾牌，即物理位置上較遠(yuǎn)的DNA片段之間的互作信息康愤。根據(jù)染色體內(nèi)部的互作概率顯著高于染色體之間...
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