前言 首先螺垢，vst也是基于負(fù)二項(xiàng)分布的一種標(biāo)準(zhǔn)化方法我們?yōu)槭裁丛诖髽颖緮?shù)據(jù)中需要采用vst的標(biāo)準(zhǔn)化方法呢？這是因?yàn)椋?1.It is a one...

7種常見的標(biāo)準(zhǔn)化方法藕届，它們分別是： 所有這些方法又可根據(jù)其原理而分為兩類，第一類基于庫的大小(TMM超燃，DESeq)聘萨，第二類基于read數(shù)目的分布...

最近在看ceRNA的時(shí)候看到了一個(gè)寶藏R包课竣，寫包簡(jiǎn)化了芯片數(shù)據(jù)下游分析之后挟鸠，我正想著寫轉(zhuǎn)錄組下游分析的簡(jiǎn)化版叉信，就看到了它。用起來~ 0.R包和數(shù)...

前天同事幫領(lǐng)導(dǎo)寫基金硼身，看文獻(xiàn)找思路，突然問我能不能幫她分析一下數(shù)據(jù)覆享，我看了一下數(shù)據(jù)是FPKM的文件佳遂。第一反應(yīng)是可以。我就試試了一下撒顿。 1.數(shù)據(jù)下...

0丑罪、R包安裝 1、差異表達(dá)矩陣 2、基因差異分析(三選一就可以進(jìn)行后續(xù)分析) 測(cè)序的數(shù)據(jù)巍糯，DESeq2 啸驯，edgeR一般用的比較多客扎，接受的是RN...

如果從TCGA官網(wǎng)網(wǎng)頁下載數(shù)據(jù)，或者使用gdc-client工具下載的數(shù)據(jù)袱吆，都是以單個(gè)的文件夾形式存儲(chǔ)厌衙，并且文件夾中的為壓縮文件，所以绞绒，下載數(shù)據(jù)...