生信小鵬 - 簡(jiǎn)書(shū)

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生信小鵬

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癌癥細(xì)胞狀態(tài)的十年探索：?jiǎn)渭?xì)胞RNA測(cè)序的啟示
引言在過(guò)去的十年里，單細(xì)胞RNA測(cè)序（scRNA-seq）技術(shù)徹底改變了我們對(duì)復(fù)雜生物系統(tǒng)的理解，尤其是在癌癥研究領(lǐng)域。癌癥作為一種由多種遺傳...

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腫瘤免疫新視野：揭秘CXCL13+ T細(xì)胞對(duì)免疫檢查點(diǎn)阻斷的響應(yīng)
腫瘤免疫新視野：揭秘CXCL13+ T細(xì)胞對(duì)免疫檢查點(diǎn)阻斷的響應(yīng) 在免疫治療領(lǐng)域礁哄，探索腫瘤反應(yīng)性T細(xì)胞對(duì)免疫檢查點(diǎn)阻斷（ICB）的響應(yīng)機(jī)制一直是...

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批次將文件夾中的內(nèi)容讀入
使用for循環(huán) 使用for循環(huán)，依次讀入文件夾“input”中的文件，將讀入的數(shù)據(jù)放入一個(gè)list 使用lapply 函數(shù)

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單細(xì)胞分析（四）——數(shù)據(jù)讀入
要做單細(xì)胞分析亚脆，尤其是從公司拿回?cái)?shù)據(jù)，或者從公共數(shù)據(jù)庫(kù)下載的數(shù)據(jù)盲泛，看起來(lái)眼花繚亂的分析結(jié)果濒持，首先第一步就是要把數(shù)據(jù)先讀入键耕，才能有后續(xù)的結(jié)果和分析...

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單細(xì)胞分析（三）——細(xì)胞分群?jiǎn)为?dú)展示
使用降維分析圖展示marker基因大部分單細(xì)胞分析，以及seurat package這個(gè)包給出的示例柑营，也都是某一marker基因在降維分析之后...

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單細(xì)胞分析（二）——細(xì)胞注釋（SingleR自動(dòng)注釋）
單細(xì)胞分析數(shù)據(jù)后屈雄，得到族群后，如何將族群進(jìn)行細(xì)胞名稱注釋是重要的步驟官套。這里使用SingleR 進(jìn)行簡(jiǎn)單的自動(dòng)注釋酒奶。安裝需要的R包需要兩個(gè)包S...

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單細(xì)胞分析(一）——seurat包單個(gè)樣本處理
10X genomics的基本原理在這個(gè)教程中，主要將分析 10X Genomics 免費(fèi)提供的外周血單核細(xì)胞 (PBMC) 數(shù)據(jù)集奶赔。在 Il...

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報(bào)錯(cuò)處理——object ‘CsparseMatrix_validate‘ not found
在使用Seurat進(jìn)行單細(xì)胞分析時(shí)惋嚎，使用FindNeighbors函數(shù)功能時(shí)，出現(xiàn)下面的報(bào)錯(cuò) 這是Matrix這個(gè)包有問(wèn)題站刑，需要更新Rtools...

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IMvigor210CoreBiologies的安裝以及數(shù)據(jù)獲取
關(guān)于這個(gè)包的相關(guān)介紹另伍，作者在這個(gè)網(wǎng)站進(jìn)行了介紹http://research-pub.gene.com/IMvigor210CoreBiolog...

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