DESeq2文庫標(biāo)準(zhǔn)化 問題1：調(diào)整文庫大小的差異 樣本1的read是樣本2的一半,樣本2中每個基因的read是樣本1的兩倍。這種差異不是生物學(xué)...

熱圖 這是熱圖欲侮，行是gene，列是RNA-seq樣本。這個數(shù)據(jù)已經(jīng)通過兩種方式進(jìn)行了修飾彩库，因此我們可以從中獲得一些見解。 相對豐度(relati...

層次聚類 層次聚類(Hierarchical Clustering)通常與熱圖有關(guān)(heatmap)先蒋。熱圖的列代表不同的樣本骇钦，行代表來自不同樣本...

t-SNE 這是一個基本的二維散點圖，我們來看看t-SNE是如何變換這個圖的竞漾，在數(shù)軸上畫出平面的一維圖眯搭。 注意:如果我們只是將數(shù)據(jù)投影到其中一個...

MDS and PCoA 多維縮放(Multi-Dimensional Scaling)分為： 經(jīng)典的(classical)或者標(biāo)準(zhǔn)的(metr...

RPKM,FPKM,and TPM RNA-seq標(biāo)準(zhǔn) 我們過去使用RPKM(Reads Per Kilobase Million)或FPKM(...

R實現(xiàn)主成分分析 如何使用prcomp()函數(shù)來做PCA 如何使用基礎(chǔ)圖形和ggplot2繪制PCA圖 如何確定每個主成分占多少變動 如何檢查載...

為什么要使用PCA 我們使用SVD（singular value decomposition，中文譯名“奇異值分解”）的方法來計算PCA业岁。我們先...

ChIP-Seq簡介 注意:此StatQuest是基于對RNA-seq的介紹鳞仙，所以請先觀看，除非您已經(jīng)完全了解RNA-seq笔时。 為了簡化棍好，讓我們...

RNA-Seq簡介 舉個例子，現(xiàn)在我們有一群正常的神經(jīng)細(xì)胞，一群突變的神經(jīng)細(xì)胞借笙，突變細(xì)胞的行為與正常細(xì)胞不同爹梁。我們想知道是什么遺傳機(jī)制造成了這種...