繼續(xù)之前還沒有完成的內(nèi)容粉臊。因為最近在學(xué)習(xí)Y叔的R包--ggtree，所以就順便拿這個內(nèi)容來進行展示酪劫，作為一個例子來記錄。nwk樹文件和R代碼文件...

一：準備文件 1.染色體長度文件 偷懶直接打開gff文件寺董，前幾行就是染色體信息覆糟，粘貼出來就好，保存為chr_length.txt 2.Text文...

1.準備文件 即要是1，2是一對串聯(lián)重復(fù)，就將其放在一個文件內(nèi)轩猩。在上一步獲得的文件迁客，一對重復(fù)基因是一行，所以我們就將兩列一行轉(zhuǎn)為一列兩行应闯，并以兩...

一：篩選串聯(lián)重復(fù)基因 1.獲取NBS的CDS序列 將NBS的基因轉(zhuǎn)錄本的ID處理，一條基因只要一個CDS。EXCEL-->排序-->去重復(fù)-->...

一：準備文件 1.擬南芥轉(zhuǎn)錄本id2.擬南芥gtf文件(不是gff)3.繪圖工具：Gene Structure Display Server 2...

繪制基因家族咋染色體上的位置 一：準備文件 1.擬南芥NBS基因ID2.擬南芥gff文件3.擬南芥基因組長度4.在線繪圖工具：MapGene2C...

一：數(shù)據(jù)準備 自己去下載擬南芥的基因組挟裂，gff3，CDS序列背率，pep文件话瞧。 1.根據(jù)gff文件獲得基因位置信息。 可以自己用awk抓寝姿，也可以寫個...

一：搜索其他保守蛋白結(jié)構(gòu)域 需要準備的文件有：NBS蛋白序列交排，TIR.hmm和RPW8.hmm 二：擬南芥NPS基因家族含有哪些motif 識別...

一：準備文件 1. 擬南芥的基因組，CDS饵筑，蛋白埃篓，GFF以及HMM文件。 2.利用HMM文件搜尋pep文件 3.利用clustalw進行多序列比...

一：NBS基因家族系統(tǒng)發(fā)育樹 1. 將數(shù)據(jù)修改一下 在擬南芥基因家族分析（一）中我們已經(jīng)將NBS的pep序列找到了根资，但是我們發(fā)現(xiàn)ID比較長架专，構(gòu)樹...