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  • barrnap:預(yù)測基因組上的核糖體RNA

    在前面的文章中惹苗,我們介紹了RNAmmer這款rRNA預(yù)測軟件会宪,這個軟件只有大學(xué)和科研機(jī)構(gòu)的用戶可以免費(fèi)使用昌粤。本著開源的精神,有個科研團(tuán)隊開發(fā)了b...

  • RNAmmer:預(yù)測基因組上的核糖體RNA

    核糖體RNA, 縮寫為rRNA, 是細(xì)胞內(nèi)含量最多的一類RNA, 能夠與蛋白質(zhì)結(jié)合形成核糖體哗咆,完成氨基酸的合成。rRNA分子量較大,通常利用沉降...

  • Abyss:基于布隆過濾器的基因組組裝軟件

    主流的NGS基因組組裝軟件都是先將序列劃分成kmer, 然后基于de Bruijn Graph圖論算法倔约,得到組裝好的序列。程序運(yùn)行時坝初,kmer字...

  • jellyfish:快速計算kmer分布

    歡迎關(guān)注"生信修煉手冊"浸剩! jellyfish可以統(tǒng)計DNA序列中Kmer的分布,它運(yùn)行速度快鳄袍,內(nèi)存消耗低绢要,支持并行,是最常用的kmer統(tǒng)計軟件...

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