參考基因組下載有三大全文網(wǎng)站提供參考基因組下載了袁，它們分別是：1.NCBI （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2...
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RNA-seq練習(xí) 第二部分（基因組序列下載颠焦，注釋文件下載鲤嫡，索引下載，比對(duì)，比對(duì)質(zhì)控,HTseq-count計(jì)數(shù)锄蹂，輸出count矩陣文件） -
如何輕松打造個(gè)人專屬的IGV BrowserIntegrative Genomics Viewer(IGV)是一個(gè)強(qiáng)大的基因組可視化工具，可以交互式的查看大多數(shù)的基因組相關(guān)數(shù)據(jù)贺氓，并且支持多...
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常見(jiàn)NGS匯總github
https://github.com/crazyhottommy/
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應(yīng)該是最好的eggnog-mapper功能注釋教程eggnog-mapper實(shí)現(xiàn)功能注釋 eggNOG-Mapper介紹 通常功能注釋的思路都是基于序列相似性找直系同源基因蔚叨，常見(jiàn)的方法就是BLA...
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The Power of RNA-seq
The Power of RNA-seq Wageningen, June 11-13 2018 Program Evaluation form...
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變異檢測(cè)與其相應(yīng)的工具的選擇什么是基因組變異 基因組變異是一個(gè)定義比較模糊的概念。 所謂的變異是相對(duì)于一個(gè)完美的“參考基因組”而言辙培。但是其實(shí)完美的“參考基因組”并不存在蔑水，因...
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tophat2+cufflinks轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?qū)嵗?）-數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
tophat2+cufflinks轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?qū)嵗龑槟憬榻B轉(zhuǎn)錄組測(cè)序也就是最近熱門(mén)的RNAseq整個(gè)流程，有興趣的小伙伴可以一起討論學(xué)習(xí)扬蕊！本次實(shí)...
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RNA-seq數(shù)據(jù)的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析劉小澤寫(xiě)于18.10.24最近開(kāi)始寫(xiě)第一篇英文小論文搀别，練練手，為將來(lái)寫(xiě)英文大論文做準(zhǔn)備 目錄 1 背景 Background Types of ...
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第二次RNA-seq實(shí)戰(zhàn)總結(jié)(3)-用DESeq2進(jìn)行基因表達(dá)差異分析
DESeq2是一個(gè)用于分析基因表達(dá)差異的R包厨相，具體操作要在R語(yǔ)言中運(yùn)行1.R語(yǔ)言安裝DESeq2 2.載入基因表達(dá)量文件领曼，添加列名 3.數(shù)據(jù)整合...
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粳稻參考基因組ID轉(zhuǎn)換粳稻參考基因組日本晴主要常用的有兩個(gè)版本鸥鹉，分別為T(mén)he Rice Annotation Project (RAP)（https://rapdb....
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