Orthofinder產(chǎn)生的Orthogroups.GeneCount.tsv不能直接作為CAFE軟件的輸入文件湖饱，需要做如下處理：filter_...
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如何獲得cafe所需要的過濾后的基因家族基因數(shù)目文件
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重新認(rèn)識(shí)TBtools惑折，減少你的生信分析煩惱（20190422）寫在寫在前面的前面 或許彪标，沒有人知道TBtools到底是什么银舱？能干啥。但是看完這個(gè)推文膀钠，或許你就知道了其中的一部分杖刷。 寫在前面 TBtools對(duì)...
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使用IQ-TREE構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹最近投文章，審稿人問了一個(gè)關(guān)于系統(tǒng)進(jìn)化樹的問題剧包。 Reviewer: 1 I still don't understand, why autho...
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eggNOG 對(duì)基因組進(jìn)行GO注釋
簡(jiǎn)要介紹利用eggNOG進(jìn)行在線注釋GO 其原理將query序列與eggNOG編號(hào)的蛋白進(jìn)行多序列比對(duì)恐锦，確定保守位點(diǎn)，分析其進(jìn)化關(guān)系疆液。 每個(gè)eg...
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基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)
前面簡(jiǎn)單介紹過基因矩陣轉(zhuǎn)置文件格式（* .gmt）[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4ODE0NTE3OA...
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GO和KEGG富集倍數(shù)（Fold Enrichment）如何計(jì)算前面我們簡(jiǎn)單介紹過ggplot2畫KEGG富集柱形圖[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.we...
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GO和KEGG富集結(jié)果如何顯示基因symbol
前面在講GO和KEGG富集倍數(shù)（Fold Enrichment）如何計(jì)算[https://link.zhihu.com/?target=http...
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【轉(zhuǎn)錄組08】功能注釋&功能富集上一步差異表達(dá)分析拿到了表達(dá)譜【比如當(dāng)用藥物處理之后踩蔚，實(shí)驗(yàn)組中哪些基因的表達(dá)發(fā)生了變化】 GO數(shù)據(jù)庫 Gene Ontology 允許在各種水...
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基因家族擴(kuò)張與收縮分析及物種進(jìn)化樹構(gòu)建（上）一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 首先枚粘，選取不同物種的Protein數(shù)據(jù)集：Arabidopsis_thaliana.fa馅闽；Citrus_grandis.fa；Di...
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TBtools進(jìn)行GO富集分析1馍迄、下載GOA文件福也，下載網(wǎng)址如下：http://current.geneontology.org/annotations/index.html[...
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