發(fā)簡信
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「數(shù)據(jù)整理」使用tidyr包和dplyr包進(jìn)行數(shù)據(jù)清洗最近處理擴增子數(shù)據(jù)，很多數(shù)據(jù)需要轉(zhuǎn)化整理钧大，從而適用于ggplot2系列的可視化工作给赞，之前常常在Excel表格中手動整理颖对，今天記錄寫一下使用tid...
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「數(shù)據(jù)整理」處理fasta文件的簡單命令
1. 將fasta中的header name替換為對應(yīng)的fasta文件名 2. 提取fasta文件第一條序列信息 3. 批量修改文件名
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「數(shù)據(jù)整理」將含有兩列數(shù)據(jù)的table轉(zhuǎn)為二進(jìn)制矩陣數(shù)據(jù)
1. 修改的需求 2.在R中實現(xiàn)目的
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「數(shù)據(jù)整理」批量修改fasta文件的headers name
在使用一些生信軟件前佣赖，你需要將你自己的數(shù)據(jù)整理成軟件要求的格式彪标，軟件以及流程跑完了產(chǎn)出的文件鸠真，也需要整理成你自己想要的格式诗宣，以便于你將結(jié)果投喂給...
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「生信軟件」好用的細(xì)菌基因組組裝與注釋軟件
1. Spades[https://github.com/ablab/spades] 細(xì)菌基因組組裝最佳軟件(主觀感受)膘怕，可進(jìn)行二代組裝，三代...
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使用ggplot2繪制菌群組成堆疊圖堆疊圖主要看不同菌群在該樣本中的相對比例召庞，把每個樣本的情況或者每個處理組的情況展示出來岛心，可以大致看出樣本的重復(fù)性好壞和不同處理間的某些菌群變化趨...
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向ggplot2圖中添加系統(tǒng)進(jìn)化樹并共享y軸最近做細(xì)菌比較基因組學(xué)分析，跑了一下Roary軟件篮灼，出來了一些結(jié)果和圖鹉梨，看了看Roary軟件github上的作圖代碼，使用的python語言對系...
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使用plasmidID軟件組裝細(xì)菌質(zhì)粒(reference-based方法)
細(xì)菌質(zhì)粒相比較于細(xì)菌染色體基因非常容易發(fā)生水平轉(zhuǎn)移穿稳，質(zhì)链嬖恚可從環(huán)境中獲得質(zhì)粒或丟失掉。質(zhì)粒的存在往往有利于細(xì)菌的生存旦袋，骤菠，質(zhì)粒上常常帶有抗生素抗性基...
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16S rRNA擴增子之a(chǎn)lpha多樣性結(jié)果可視化(分面和拼圖)數(shù)據(jù)的分析和可視化工作沒有止境！ 1. alpha多樣性數(shù)據(jù)導(dǎo)入和整理 數(shù)據(jù)來自公司給的alpha多樣性指數(shù)數(shù)據(jù)表格疤孕，主要包括Observe商乎，C...