最近微信群有小伙伴拋出這樣一張圖奕筐，是一個細胞通訊LR氣泡圖趟据，確切的說應該是Cellchat結(jié)果的可視化腾啥。我一看這不就是用Cellchat做的嘛。...

組織內(nèi)細胞異質(zhì)性的基礎是細胞轉(zhuǎn)錄狀態(tài)的差異嫌松，轉(zhuǎn)錄狀態(tài)的特異性又是由轉(zhuǎn)錄因子主導的基因調(diào)控網(wǎng)絡（GRNs）決定并維持穩(wěn)定的。因此分析單細胞的GRN...

很久以前，我們在寫單細胞分析的時候贿讹，就寫過GSVA分析了，GSVA分析的全名叫Gene Set Variation Analysis够掠，能夠分析基...

****pySCENIC全部往期精彩系列：1、[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==...

Seurat::DoHeatmap 的謎之報錯 最近在學習Seurat教程（Seurat版本3.0.2）疯潭，發(fā)現(xiàn)運行到倒數(shù)第二步做熱圖展示mark...

最近聽說定量免疫浸潤很火赊堪，于是我也報名參加了果子老師的課程，跑了幾個R包竖哩，你比如說xCell啊哭廉，GSVA啊，MCPcounter啊相叁，Consen...

TCseq包可以應用于轉(zhuǎn)錄組遵绰，單細胞轉(zhuǎn)錄組辽幌，ATAC-seq，Chip-seq等的表觀基因組時序型數(shù)據(jù)分析椿访。該包主要用于不同時間點的差異分析乌企，時...

Azimuth：使用錨點整合的方法對單細胞類型進行預測加酵，可以用于手動細胞注釋結(jié)果的參考參考網(wǎng)站：https://satijalab.org/se...

更多重要函數(shù)見：Seurat重要命令匯總[http://www.reibang.com/p/104f9290af8b] Seurat繪圖函數(shù)總...