常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.reibang.com/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的椅棺，...

1. 細(xì)胞周期背景介紹 細(xì)胞周期(cell cycle)是指細(xì)胞從一次分裂完成開始到下一次分裂結(jié)束所經(jīng)歷的全過程固灵，分為間期與分裂期兩個階段定庵。在細(xì)...

bioconductor-DropletUtils使用教程：Utilities for handling droplet-based singl...

更好的閱讀體驗>> 要想在同一頁面上排列多個ggplot2圖形西篓，基本的R函數(shù)par() 和 layout()是無效的议谷。解決方案之一是使用 gri...

雙細(xì)胞是指由于實驗原因炉爆，在單細(xì)胞微流控等流程中某個液滴中含有2個及以上的細(xì)胞，而在同一個液滴中的細(xì)胞在后續(xù)分析中帶有相同的Cell Barcod...

起因：最近有個問題樣本卧晓，跑完cellranger芬首，樣本的cellranger結(jié)果如下，細(xì)胞數(shù)目極高(3W+)逼裆。在后續(xù)數(shù)據(jù)質(zhì)控分析中郁稍，線粒體基因占...

在本教程中，我們將學(xué)習(xí)如何通過一些經(jīng)典的marker基因計算細(xì)胞周期階段評分胜宇，并在預(yù)處理過程中將其從scRNA-seq數(shù)據(jù)中進(jìn)行回歸處理耀怜，來減輕...

由于層次聚類的問題（數(shù)據(jù)量太大的時候桐愉，層次聚類的速度很慢财破，同時會報堆錯誤，出現(xiàn)內(nèi)存溢出）从诲，inferCNV的不能處理大批量的數(shù)據(jù)左痢。另外，對于來源...

軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] ...

理論知識： 組織是由不同譜系和亞型的細(xì)胞類型組成的復(fù)雜環(huán)境，每種細(xì)胞都有自己獨(dú)特的轉(zhuǎn)錄組抖锥。因此亿眠，批量轉(zhuǎn)錄組分析是細(xì)胞類型特異性基因表達(dá)的總和加權(quán)...