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R語(yǔ)言小記3：ENSG和基因symbol間的名稱轉(zhuǎn)換0. 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備（加載自己需要轉(zhuǎn)換的數(shù)據(jù)） 1. 使用其他R包"AnnotationDbi"和"org.Hs.eg.db" ? 發(fā)現(xiàn)存在一個(gè)ENS...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析筆記6: 轉(zhuǎn)錄因子分析（SCENIC）轉(zhuǎn)錄因子(transcription factors, TFs)是指能夠識(shí)別、結(jié)合在某基因上游特異核苷酸序列上的蛋白質(zhì)。其通過介導(dǎo)RNA聚合酶與...
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單細(xì)胞小記2：將h5ad格式轉(zhuǎn)化為seurat格式
h5ad 是用于存儲(chǔ)單細(xì)胞 RNA 測(cè)序（scRNA-seq）數(shù)據(jù)的文件格式，常用于 Python 中的 Scanpy 軟件包。它基于 HDF5...
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單細(xì)胞小記1：將多個(gè)樣本的表達(dá)矩陣谣旁，合并成seurat格式1. 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 2. 數(shù)據(jù)整合
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全外顯子組測(cè)序（WES）分析4-1: 識(shí)別驅(qū)動(dòng)基因（dNdScv ）
1. dNdScv R包是一組最大似然 dN/dS 方法，旨在量化癌癥和體細(xì)胞進(jìn)化中的選擇。該包包含量化錯(cuò)義漱贱、無(wú)義和必需剪接突變的 dN/dS ...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析筆記5: 擬時(shí)序分析（monocle2)擬時(shí)序（pseudotime）分析，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析夭委，根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況通過擬時(shí)分析可...
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全外顯子組測(cè)序（WES）分析3: 變異功能注釋（SnpEff / VEP ）1. 使用注釋 VCF 文件 1.1 下載和安裝 SnpEff 1.2 下載參考基因組數(shù)據(jù)庫(kù) 手動(dòng)下載（選擇符合自己需要的物種及版本）：http...
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全外顯子組測(cè)序（WES）分析2: SigProfiler（突變特征分析）SigProfiler 提供一套全面幅狮、集成的生物信息學(xué)工具，用于執(zhí)行突變特征分析。該軟件涵蓋了從生成突變矩陣到特征提取的整個(gè)分析生命周期崇摄，以及繪...
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全外顯子組測(cè)序（WES）分析1: GATK4變異檢測(cè)（bwa+samtools+sambamba+GATK）1. 全外顯子組測(cè)序技術(shù)簡(jiǎn)介 全外顯子組測(cè)序（whole exome sequencing擎值，WES）是指利用序列捕獲技術(shù)將全基因組外顯子區(qū)域DN...