ChipSeq數(shù)據(jù)分析 - 專題

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Chip-Seq&ATAC-Seq 測序分析流程--上游
寫在前面這里我將chip-seq&ATAC-Seq的分析分為了上游和下游兩個(gè)模塊，但是都只是介紹了常規(guī)的分析流程犹芹。因此搭儒，在面對具體課題的下游分...

0.2 bio農(nóng)夫山泉 0 3
糾結(jié)惑淳！narrowPeak還是broadPeak
??常見組蛋白修飾的ChIP-seq數(shù)據(jù)咳蔚，使用macs2分析時(shí)會(huì)面臨一個(gè)問題杨帽，peak的峰形到底是narrowPeak還是broadPeak法希？基...

0.2 生信云筆記 2 4

個(gè)性化ChIPseeker注釋peak結(jié)果歹袁，基因 or 功能區(qū)類型隨心選坷衍，好用的腳本等你來取
??ChIP-seq、ATAC-seq等獲取到基因組范圍內(nèi)的peak后条舔，需要對其進(jìn)行基因注釋以便進(jìn)行后續(xù)的分析枫耳。ChIPseeker做為peak...

0.8 生信云筆記 1 6
PePr識別組蛋白修飾ChIP-seq差異峰+bed文件注釋
PePr相關(guān)內(nèi)容: 文章連接:NCBI - WWW Error Blocked Diagnostic[https://pubmed.ncbi.n...

0.1 Apache_lin 0 5
轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫
JasParhttp://jaspardev.genereg.net/[http://jaspardev.genereg.net/] 2Moti...

0.4 可能性之獸 0 3
motifmatchr
motifmatchr的作用就是分析眾多的序列和眾多的motifs, 從中找到哪個(gè)序列包含哪個(gè)motif. 它的核心函數(shù)就是matchMotif...

3.1 可能性之獸 0 5
deeptols 畫圖工具使用方法與代碼
deeptols 畫圖工具使用方法與代碼[https://blog.csdn.net/weixin_51192038/article/deta...

0.5 ECHO1216 0 5

LOLA：overlap analysis for enrichment of genomic region set
前言 ??說到富集分析，大家肯定第一時(shí)間會(huì)想到GO孟抗、KEGG迁杨、GSEA等常見的基因富集分析。那什么是基因富集分析呢凄硼？簡單來說就是把我們篩選出來的...

0.5 生信云筆記 7 9 1
基因家族分析(2) ggplot2繪制motif分析圖
隔了這么長時(shí)間終于開始更新基因家族的第2篇文檔了铅协，繪制motif分析圖。以往做這類分析都是通過TBtools此款軟件摊沉，今天讓我們通過ggplot...

3.1 R語言數(shù)據(jù)分析指南 0 33
2個(gè)Chip-seq樣本差異peak分析
因?yàn)槲疑厦娴臉颖臼荂K和treatment的狐史，所以需要發(fā)現(xiàn)2個(gè)樣本之間的差異peak。對于差異的peak我依舊用的是MACS2里面的bdgdi...

0.5 jjjscuedu 3 7