首先說明，這個(gè)問題是在一個(gè)偶然的情況下被發(fā)現(xiàn)的傲绣，因此可能不具備普遍性兆龙。事情是這樣的，我在昨天（6月4日）用clusterprofiler跑了以下...
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clusterprofiler跑GSEA時(shí)可能存在的問題（已解決） -
【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小結(jié)
前言 關(guān)于clusterProfiler這個(gè)R包就不介紹了纲熏，網(wǎng)紅教授宣傳得很成功压储，功能也比較強(qiáng)大忘古，主要是做GO和KEGG的功能富集及其可視化路操。簡...
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clusterProfiler也能做細(xì)胞類型鑒定疾渴？在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中，比較棘手的一件事莫過于細(xì)胞類型的鑒定了：雖然細(xì)胞可以用聚類算法聚成好幾類屯仗，每個(gè)類型的細(xì)胞是什么呢?這就考驗(yàn)技術(shù)了搞坝。其實(shí)我們介...
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構(gòu)建自己的R包--KEGG.db
參考地址在使用clusterProfiler時(shí)，KEGG注釋包祭钉，可以自定義瞄沙。畢竟許多物種的數(shù)據(jù)庫是不完善的。現(xiàn)在就自定義一個(gè)KEGG.db的包慌核，...
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clusterProfiler: 分析+可視化GO和KEGG富集的轉(zhuǎn)錄組R包寫作之友 基因和基因簇的功能譜 (functional profiles) 的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析及可視化 G Yu, LG Wang, Y Han, Q...
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使用clusterProfiler包對非模式生物進(jìn)行GO和KEGG的富集分析
clusterProfiler包是Y叔開發(fā)的一個(gè)強(qiáng)大的能進(jìn)行多種功能富集的R包距境，對于有OrgDb或AnnotationHub中收錄的物種進(jìn)行GO...
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