數(shù)據(jù)分析 - 專題

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TCGA+biomarker——決策曲線分析法（DCA）
DCA曲線簡介 DCA是一種評(píng)估臨床預(yù)測(cè)模型、診斷試驗(yàn)和分子標(biāo)記物的簡單方法廊佩。傳統(tǒng)的診斷試驗(yàn)指標(biāo)如：敏感性囚聚，特異性和ROC曲線下面積僅測(cè)量預(yù)測(cè)模...

1.7 Clariom 4 33
R語言可視化（二十八）：瀑布圖繪制
28. 瀑布圖繪制清除當(dāng)前環(huán)境中的變量設(shè)置工作目錄使用waterfalls包繪制瀑布圖使用maftools包繪制瀑布圖使用GenVis...

1.6 Davey1220 7 21

統(tǒng)俗講義之——如何計(jì)算統(tǒng)計(jì)功效(Statistical Power)
通俗統(tǒng)計(jì)之——如何計(jì)算統(tǒng)計(jì)功效（部分內(nèi)容受教于網(wǎng)絡(luò)，經(jīng)個(gè)人理解闡述于此标锄，不限版權(quán)顽铸，盡管轉(zhuǎn)載） 1. 何為‘統(tǒng)計(jì)功效’？統(tǒng)計(jì)功效料皇，是用來描述谓松，在...

0.8 年青的海岸 13 28
Metascape
寫在前面，有做廣告的嫌疑践剂，哈哈鬼譬，2019.4剛發(fā)表的，不過貌似每發(fā)表之前引用率超高逊脯，貌似專門針對(duì)david优质，不過david真的過時(shí)了，這個(gè)網(wǎng)站也...

1.7 又是一只小菜鳥 1 15
神圖-多組學(xué)通路富集的聯(lián)合比較
使用Perseus軟件進(jìn)行1D和2D annotation enrichment分析某天男窟，在某篇蛋白組學(xué)文獻(xiàn)中看到這么一個(gè)分析盆赤，稱為2D an...

0.4 紀(jì)偉講測(cè)序 0 10
利用igraph包可視化基于KNN的單細(xì)胞聚類關(guān)系
0、背景（1）在Seurat等包中歉眷，在進(jìn)行挑選高變基因牺六，PCA分析后，多使用SNN(shared nearest neighbor)算法進(jìn)行單...

0.8 小貝學(xué)生信 0 10
ssGSEA
參考連接：https://shengxin.ren/article/403[https://shengxin.ren/article/403]s...

2.3 一只煙酒僧 1 9

GSVA + limma進(jìn)行差異通路分析
一般我們做GSEA都是先進(jìn)行差異基因分析汗捡，然后取差異倍數(shù)排序結(jié)果進(jìn)行GSEA淑际。但如果你沒有條件進(jìn)行差異基因分析也可以進(jìn)行GSEA，這就是ssGS...

4.0 BeeBee生信 16 44
Pathway通路與GSEA基因集有何區(qū)別扇住？
劉小澤寫于19.3.19通常做富集分析時(shí)春缕，我們會(huì)遇到兩種方法Pathway和GSEA，它們到底有什么區(qū)別艘蹋？前言我們通過差異分析會(huì)得到一些差異...

6.3 劉小澤 6 67 1
關(guān)于批次效應(yīng)的若干問題
批次效應(yīng)定義我們引用文獻(xiàn)里面的原文：Tackling the widespread and critical impact of batch ...

0.7 小潤澤 0 8