宏基因組 - 專題

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宏基因組

收錄了14篇文章 · 13人關(guān)注

宏基因組之物種注釋（基于nr庫）
昨天下午搗鼓了一下宏基因組物種注釋過程(基于nr庫)蓝仲，現(xiàn)在將整個(gè)流程記錄一下栅表。軟件需求：blast服赎，diamond矾踱，taxonkit(安裝自行百...

2.0 凱凱何_Boy 14 10
微生物多樣性qiime2分析流程(3) 使用figaro來得到dada2正反向截?cái)鄥?shù)
dada2插件對原始數(shù)據(jù)paired-end-demux.qza進(jìn)行質(zhì)量過濾需要兩個(gè)參數(shù)，trunc-len-f和trunc-len-r。這個(gè)想...

1.0 R語言數(shù)據(jù)分析指南 37 14

快速計(jì)算基因表達(dá)軟件：Salmon
我們常見的轉(zhuǎn)錄組表達(dá)分析一般都是將reads比對至參考基因組或者轉(zhuǎn)錄組上，然后在基因或者轉(zhuǎn)錄本水平上定量表達(dá)豐度夜涕。但最近在做小RNA分析時(shí)卻遇...

1.5 BINBINCC 2 20
MetaWRAP
手動(dòng)安裝MetaWRAP 依賴軟件安裝--apt安裝需要手動(dòng)安裝的軟件安裝完后，添加maxbin和quast軟件的路徑到path安裝Meta...

0.3 nitrostarch 0 3
PICRUST2安裝及分析
PICRUSt2 (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of...

0.2 肖ano 0 2
R可視化：使用R的circlize包繪制樣本-物種豐度關(guān)聯(lián)弦狀圖
R作圖-使用circlize繪制樣本物種豐度關(guān)聯(lián)弦狀圖 circlize圖也即是弦圖能較好展示樣本物種豐度關(guān)聯(lián)關(guān)系属愤，先前從lyao222lll博...

2.0 生信學(xué)習(xí)者2 1 13
微生物多樣性qiime2分析流程(6) 數(shù)據(jù)可視化分析(上）
在之前的幾篇文章里女器，介紹了如何整合dada2的分析結(jié)果，并且已經(jīng)通過MicrobiotaProcess包轉(zhuǎn)化為了phyloseq對象住诸，接下來先讓...

2.4 R語言數(shù)據(jù)分析指南 9 14

宏基因組怎么分析驾胆？
文章分析思路：整體概述——物種組成——功能組成——關(guān)聯(lián)/因果文章主要結(jié)果描述： 1. 樣本、物種贱呐、功能整體內(nèi)容描述 2. 物種組成整體差異和分...

1.5 箋牒九州的怪咖 0 3
Qiime2(四) -過濾feature table
. 按代表序列數(shù)量過濾保留總測序量大于3條的代表序列： 2. 偶然因素過濾為了規(guī)避偶然因素丧诺，保留至少在2個(gè)樣品本存在的ASV ： 3. 過濾...

0.1 佳名 1 2
16S測序分析（三）用LEfSe尋找組間差異細(xì)菌
導(dǎo)讀前面已經(jīng)介紹了獲取菌屬相對豐度表的方法，以及多樣性分析中的基本概念和計(jì)算方法奄薇。接下來將開始介紹一種尋找組間差異細(xì)菌的常用方法LEfSe驳阎。L...

1.0 胡童遠(yuǎn) 0 27