生物信息學 - 專題

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生物信息學

收錄了37篇文章 · 19人關注

R數據可視化16:啞鈴圖
什么是啞鈴圖(Dumbbell Chart) 啞鈴圖（Dumbbell Chart）就像它的名字一樣歧杏，長得像一個啞鈴。當然當你有多個節(jié)點的時候，...

2.2 jlyq617 4 23
收藏貼之一 | 寫過熱圖工具的人兽埃，給你理清熱圖數據標準化
寫在前面熱圖，或稱熱力圖适袜，是外文 Heatmap 的直譯柄错。在幾乎所有數值分析相關工作中都可以看到。生物信息學數據，自然躲不過售貌。無論是形態(tài)數據给猾，...

2.6 生信石頭 2 76

數據過濾-Trimmomatic
為什么要進行數據過濾二代測序的下機數據經堿基識別得到的原始序列稱為raw-data。raw-data中可能含有接頭（adapter）颂跨、低質量序...

0.7 bioYIYI 0 7
PON構建的兩種方法
PON構建方法一：vcftools PON構建方法二：GATK

0.2 bioYIYI 0 2
相關性計算與可視化畫
用途：計算組間相關性敢伸，并進行可視化 1.一組數據，單個矩陣使用示例：輸入數據示例：代碼 1恒削，輸出相關性矩陣池颈，并用ggplot2畫熱圖 2...

0.1 bioYIYI 0 1
根據bam文件推測捕獲區(qū)間（bed）/獲取全部基因（exon）的區(qū)間
1，將UCSC的refFlat.txt轉換成bed文件基因全長bed refFlat.txt文件示例： hg19.genes.bed文件示例：...

0.2 bioYIYI 0 2
ggplot2 畫柱形圖
上游數據示例：基因A 結果示例：基因B 兩幅圖組合在一起示例：累積柱狀圖示例：柱狀圖漸變色柱狀圖上標數字普通柱狀圖上游數據示例圖

0.3 bioYIYI 0 4

兩組數據Fisher檢驗及結果可視化
分析需求/適用場景我們常常要比較N個元素的不同狀態(tài)在兩組間的分布情況钓丰，分析富集于一組的元素饶辙。那此時就可以對每個元素不同狀態(tài)在兩組的數量進行Fi...

1.9 bioYIYI 0 8
如何提高FFPE變異檢測質量？
FFPE測序數據檢測變異面臨的問題通過對大量樣本進行重測序技術（全基因組斑粱、全外顯子組弃揽、目標區(qū)域）以剖析癌癥的致病機制，挖掘癌癥相關的基因是近些...

0.2 bioYIYI 0 2
HER2陽性乳腺癌靶向藥
HER2 原癌基因或C-erbB2 編碼一個單一的受體樣跨膜蛋白则北，分子量185kDa矿微，其結構上與表皮生長因子受體相關，它在多種癌癥中過度表達尚揣，包...

0.3 bioYIYI 0 3