生信問 - 專題 - 簡(jiǎn)書

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生信問

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單細(xì)胞-V(D)J數(shù)據(jù)分析之scRepertoire安裝有毒
眾所周知谎痢，R包只分兩種：一踏拜，安裝一順到底的R包；二，安裝就和挑戰(zhàn)過關(guān)卡一樣有毒的R包（雖然主要原因是計(jì)算機(jī)知識(shí)太薄弱我不怪你但還是請(qǐng)你善良荧止。。。...

松鼠菌奶黃包 0 0
bed文件格式
有snp的坐標(biāo)惩妇，提取snp位點(diǎn)前后100bp的參考基因組對(duì)snp位點(diǎn)bed文件 start 減10 ，end 加10筐乳，然后用命令 bedtoo...

F_U_N 0 1

heatmap由于有太多NA無法聚類原因和解決方法
有的時(shí)候數(shù)據(jù)中有NA歌殃，可以聚類出來，但是有的時(shí)候就會(huì)報(bào)一個(gè)這樣的錯(cuò)誤：“Error in hclustfun(distfun(x)) : NA/...

1.4 生信編程日常 0 11
去除比對(duì)偏差 (remove mapping bias)
在做等位基因(allele)的研究中蝙云，其中一個(gè)重要的步驟就是去除比對(duì)偏差氓皱。眾所周知，人是二倍體生物勃刨，在染色體同樣位置會(huì)有一對(duì)allele波材，一般情...

1.6 生信編程日常 0 6
GSEA小問題總結(jié)
如果不知道怎么做GSEA，請(qǐng)移步：http://www.reibang.com/p/a1927f75043b Q1: 做GSEA的geneLi...

1.4 PriscillaBai 6 14
StringTie在注釋基因組時(shí)的注意事項(xiàng)
在利用RNA-seq注釋基因組時(shí)朵你，有一個(gè)問題就是各聘，我將不同組織來源的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和參考基因組比對(duì)之后，那下一步是1）先將這三個(gè)比對(duì)結(jié)果進(jìn)行合并抡医，然...

0.9 xuzhougeng 2 16
R語(yǔ)言“More Columns than Column Names”
在讀取表格文件的時(shí)候躲因，可能會(huì)出現(xiàn)More Columns than Column Names這樣的問題早敬，意思就是說列名的數(shù)量與列的數(shù)量不一致對(duì)...

0.1 白菜代碼小推車 1 1

你還在每次配置Rstudio的下載鏡像嗎？
劉小澤寫于19.8.15分享一個(gè)R語(yǔ)言小技巧初級(jí)模式相信大家在使Rstudio的時(shí)候?yàn)榱思铀侔南螺d大脉，都會(huì)配置一個(gè)國(guó)內(nèi)鏡像搞监，最開始是要在Rs...

0.7 劉小澤 7 13
R 問題解決 | 錯(cuò)誤: With R version 3.5 or greater, install Bioconductor packages using BiocManager; see...
在使用如下代碼安裝Bioconductor來源的package時(shí)，遇到如下報(bào)錯(cuò)：錯(cuò)誤: With R version 3.5 or grea...

0.4 Biosciman 1 13
pip安裝pysam出錯(cuò)
mac或者linux中有時(shí)候安裝pysam會(huì)報(bào)錯(cuò)镰矿。在windows中安裝這個(gè)模塊基本上都是報(bào)錯(cuò)的琐驴，因?yàn)檫@個(gè)工具里面用到的模塊samtools可能...

白菜代碼小推車 0 2