# 1. 初步使用 運行下面幾行代碼瓶竭，初步了解ChIPpeakAnno使用 # 2. 詳細使用例子 ChIPpeakAnno使用GRanges ...
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ChIPpeakAnno 注釋peak -
2022-10-10 samtools分析測序基因組的depth和coverage
對基因組測序完成后届宠，我們經(jīng)常需要統(tǒng)計測序深度（depth）和對基因組的覆蓋率（coverage） 這兩個概念有時候不太好區(qū)分已脓，有時coverag...
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IGV-GSAman | 極大提高「功能基因組學」研究效率的基因組瀏覽器寫在前面 今天周末特姐，轉(zhuǎn)眼10月份只剩一周侈净。萬萬沒想到疯坤，一個月下去肢簿，我還是花了不少時間在完善「GSAman」靶剑。至于為什么本來「兩個小時」就干完的事...
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ggplot2做分組箱線圖，添加bar和均值并修飾圖形并不覺得ggplot2作圖多好看池充，尤其是箱線圖和柱狀圖需要大量的修飾桩引，現(xiàn)在介紹ggplot2做分組箱線圖，添加箱子的bar和均值的幾個函數(shù) st...
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測序深度和測序覆蓋度收夸，怎么估算坑匠？在我們開始測序之前，經(jīng)常會被問道咱圆，你需要的測序深度和測序覆蓋度的概念笛辟，比如在測序線粒體的DNA時候功氨，測序小哥就問說1個G的數(shù)據(jù)量夠了嗎？下面...
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【deeptools相關】讀取Excel文件,畫樣本相關性散點圖Tips: https://deeptools.readthedocs.io/en/develop/content/tools/plotCorr...
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畫測序深度分布圖
1. 將測序數(shù)據(jù)比對到參考基因組手幢。 2.求出每一個堿基上的深度 結(jié)果如下所示（其中第一列為染色體捷凄，第二列為position，第三列即為這個pos...
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計算測序深度和覆蓋度
深度（depth）與覆蓋度（coverage） 假想實驗 對長100bp的目標區(qū)域進行捕獲測序：采用單端測序围来，每個read長5bp跺涤；總共得到了2...
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R-loop數(shù)據(jù)分析之R-ChIP(樣本間BAM比較和可視化)樣本間相關性評估 上一步得到各個樣本的BAM文件之后，就可以在全基因組范圍上看看這幾個樣本之間是否有差異监透。也就是先將基因組分成N個區(qū)間桶错，然后用統(tǒng)...
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ATAC-seq分析干貨-2
作者 | Arno審稿 | 童蒙編輯 | amethyst 上一期我們介紹了ATAC-seq相關的背景知識。ATAC-Seq能幫助我們從全基因組...
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