基因組測(cè)序 - 專題

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Bioinformatics Workbook：一個(gè)生信學(xué)習(xí)網(wǎng)站 | 不需要翻 | 示例數(shù)據(jù)+代碼
> 推薦一個(gè)生信學(xué)習(xí)網(wǎng)站：`Bioinformatics Workbook` > 網(wǎng)站地址：https://bioinformaticswork...

3.9 學(xué)生信的大叔 7 64
組裝細(xì)菌基因組
一、在Genome Announcements網(wǎng)站（https://mra.asm.org/）找到一篇細(xì)菌基因組文章 1.標(biāo)題如下image.p...

努力再努力_cf77 0 1

RIdeogram：染色體數(shù)據(jù)可視化的R包
已有的工具如circos, 只能繪制彎的染色體，又如R包c(diǎn)hromoMap轻局，IdeoViz雁竞，karyploteR纽窟，ggbio和在線工具Idiog...

7.1 Boer223 12 89
Circos手把手極簡(jiǎn)入門（Windows篇）
Circos是數(shù)據(jù)展示的一個(gè)極佳方式酒来。是每一個(gè)男人都應(yīng)該學(xué)會(huì)的必備技能啡浊！如果按照我這個(gè)教程都搞不定的話，還是建議先別看別人的高階教程了陶因。 Ci...

2.1 面面的徐爺 8 45
「基因組注釋」使用RepeatModeler從頭注釋基因組的重復(fù)序列
RepeatModeler可用來(lái)從頭對(duì)基因組的重復(fù)序列家族進(jìn)行建模注釋，它的核心組件是RECON和RepatScout垂蜗。使用方法以擬南芥的參...

2.0 xuzhougeng 2 33
「基因組注釋」構(gòu)建重復(fù)序列數(shù)據(jù)庫(kù)
本文參考自Repeat Library Construction-Advanced楷扬，整體思路一致，但是所用軟件有所不同贴见。流程主要分析MITE和...

2.6 xuzhougeng 12 34 1
Meta小課題：K-mer
什么是K-mer? mer : 分子生物學(xué)領(lǐng)域中意義為：monomeric unit ( mer) ：?jiǎn)误w單元烘苹，相當(dāng)于nt或者bp。通常用于雙鏈...

1.6 周運(yùn)來(lái)就是我 0 32

JELLYFISH簡(jiǎn)介及使用
軟件簡(jiǎn)介功能統(tǒng)計(jì)并篩選DNA序列中k-mers的數(shù)目片部，輸出的結(jié)果為二進(jìn)制文件镣衡，能夠使用jellyfish dump轉(zhuǎn)換成文本文件。最終得到...

0.5 dasdadf 2 6
純二代測(cè)序從頭組裝基因組
基因組組裝基因組組裝一般分為三個(gè)層次档悠，contig, scaffold和chromosomes. contig表示從大規(guī)模測(cè)序得到的短讀(re...

5.8 xuzhougeng 3 122
基因組survey
基因組survey 在組裝基因組之前一定要先對(duì)要組裝的物種有一個(gè)大致的了解廊鸥，判斷其復(fù)雜程度, 標(biāo)準(zhǔn)如下基因組大小：基因組越大辖所，測(cè)序花的錢越多 ...

3.0 xuzhougeng 9 45