轉(zhuǎn)錄組學(xué) - 專題

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轉(zhuǎn)錄組上游分析教程 | 第一章生信軟件的安裝
繼續(xù)Linux基礎(chǔ)的教程脂凶，該教程內(nèi)容是安裝生信分析軟件劳翰。 1.8 生信軟件的安裝有root權(quán)限（可以使用yum或apt-get命令安裝）（推...

0.2 小杜的生信筆記 7 4
RNA-seq轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析丨一套完整的案例流程
今天分享的學(xué)習(xí)筆記是一套轉(zhuǎn)錄組分析簡(jiǎn)單流程洲赵，適用于初學(xué)者入門閱讀，從原始測(cè)序數(shù)據(jù)開始，經(jīng)過質(zhì)控、序列比對(duì)、定量表達(dá)嗅绸、差異表達(dá)、功能富集等一系列分...

2.2 生信分析筆記 2 60

Fastp:質(zhì)控 +過濾數(shù)據(jù)
常規(guī)的質(zhì)控和過濾數(shù)據(jù)是fastqc+trimmomatic撕彤，據(jù)說fastp更快鱼鸠，而且一次完成質(zhì)控過濾和出圖。fastp的githubfastp的...

1.3 wo_monic 5 17 1
fastp全新的數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件
各位做生信的小伙伴都知道羹铅，對(duì)于下機(jī)的FASTQ數(shù)據(jù)需要進(jìn)行質(zhì)控和預(yù)處理蚀狰，以保證下游分析輸入的數(shù)據(jù)都是干凈可靠的。通常我們都是使用FASTQC等軟...

1.0 牧小熊 5 16 1
fastp：數(shù)據(jù)質(zhì)控 + 過濾
之前都是用 fastqc+trimmomatic進(jìn)行數(shù)據(jù)質(zhì)控和過濾职员，但是fastp更方便也更快麻蹋，而且可以一次完成質(zhì)控過濾和出圖。 1. Fast...

1.1 V_b986 1 8
CBNplot：揭示富集分析中各通路的調(diào)控關(guān)系
說在前面 Immugent在之前一篇推文中：CBNplot：可視化富集通路中基因的調(diào)控關(guān)系[https://mp.weixin.qq.com/s...

2.7 生信寶庫 3 25
RNA-seq入門（三）比對(duì)焊切、輸出表達(dá)矩陣
一扮授、hisat2進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組比對(duì) 1. 首先下載參考基因組在NCBI,UCSC和Ensemble數(shù)據(jù)庫都可以下載到參考基因組，這里下載UCSC的...

1.5 生信開荒牛 0 10

【RNA-Seq 實(shí)戰(zhàn)】四专肪、序列比對(duì)
這里是佳奧刹勃，讓我們繼續(xù)轉(zhuǎn)錄組分析的學(xué)習(xí)！常用的軟件：hisat2嚎尤、subjunc深夯、star、bwa诺苹、bowtie2（主要針對(duì)基因組）等 1 s...

2.0 佳奧 1 11
CBNplot：可視化富集通路中基因的調(diào)控關(guān)系
說在前面相信大家在平時(shí)做富集分析時(shí)都會(huì)有這樣的一個(gè)需求：如果能知道感興趣的某條通路中各基因的調(diào)控關(guān)系，那么就能準(zhǔn)確識(shí)別出hub基因雹拄；或者說找到...

1.2 生信寶庫 5 17
Bulk RNA-Seq 差異表達(dá)分析流程
以前寫過不少零散的 RNA-Seq 分析文章收奔，現(xiàn)在整理為流程，同時(shí)修改一些錯(cuò)誤滓玖。流程包含質(zhì)控坪哄、比對(duì)、定量、差異分析翩肌。前處理拿到原始 fast...

2.3 BeeBee生信 0 24