轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析 - 專題

投稿

轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析

收錄了284篇文章 · 175人關(guān)注

Hisat2+FeatureCounts+DESeq2流程+作圖浆竭！
featureCounts是一個(gè)用來統(tǒng)計(jì)count數(shù)的軟件罕邀，運(yùn)行的速度飛快，比之前用的htseq-count快了好多好多耗帕。照例先說一下怎么下載...

2.6 云養(yǎng)江停 1 27
一句代碼同時(shí)運(yùn)行多組富集分析
傳統(tǒng)的富集分析的步驟是：計(jì)算出差異表達(dá)基因列表運(yùn)行GO 運(yùn)行KEGG當(dāng)然豪娜，也可以運(yùn)行其他富集分析伸辟，比如DO簿姨，Wikipathways或者Re...

1.7 歐陽松 3 11

WGCNA分析 | 你的數(shù)據(jù)結(jié)果真的是準(zhǔn)確的嗎？喇嘱？
加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用來描述不同樣品之間基因關(guān)...

0.9 小杜的生信筆記 0 1
全轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析（TWAS）
全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWAS）已經(jīng)確定了數(shù)千種與許多復(fù)雜特征相關(guān)的遺傳變異茉贡。然而，它們的生物學(xué)機(jī)制在很大程度上仍然是未知的者铜。最近提出的全轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)...

1.3 可能性之獸 0 13
RNA-seq的counts值腔丧，RPM, RPKM, FPKM, TPM 的異同
RNA-seq的counts值，RPM, RPKM, FPKM, TPM 的異同現(xiàn)在常用的基因定量方法包括：RPM, RPKM, FPKM, ...

1.6 天涯清水 0 19
轉(zhuǎn)錄組--STAR比對（可用于差異分析作烟、可變剪接分析和call_SNP）
1 建索引 2 比對(若用于GATK悔据，可不排序輸出sam文件) 1)常規(guī)比對（一次2個(gè)吧, 用于差異分析） 2-pass模式（用于RNA數(shù)據(jù)的G...

0.2 千萬別加香菜 0 4
iTAK：在線預(yù)測全基因組轉(zhuǎn)錄因子TF，轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子TR與蛋白激酶PK
前言康奈爾大學(xué)俗壹，F(xiàn)eiLab的一個(gè)預(yù)測工具。 iTAK 是依賴于數(shù)據(jù)庫的用于從蛋白質(zhì)或核苷酸序列中識別植物轉(zhuǎn)錄因子 (TF)藻烤、轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子 (...

5.2 學(xué)生信的大叔 0 30

WGCNA基礎(chǔ)概念
WGCNA基礎(chǔ)概念加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析 (WGCNA, Weighted correlation networkanalysis)是用來描述...

3.0 天涯清水 0 18
WGCNA得到模塊之后如何篩選模塊里面的hub基因
WGCNA得到模塊之后如何篩選模塊里面的hub基因原創(chuàng) 生信技能樹我在生信技能樹多次寫教程分享WGCNA的實(shí)戰(zhàn)細(xì)節(jié)绷雏，見：一文看懂WGCNA...

1.9 天涯清水 0 22
轉(zhuǎn)錄組分析（三）--GO及KEGG富集分析及可視化（包括條形圖及氣泡圖）（對差異基因的可視化）
GO分析（上下調(diào)基因分開做，可用于BP,CC,MF分開畫圖） GO分析（上下調(diào)一起做怖亭，強(qiáng)烈推薦涎显，可以看整體結(jié)果，并可選取其中的部分畫圖） GO ...

3.7 千萬別加香菜 3 30