加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用來描述不同樣品之間基因關(guān)聯(lián)模式的系統(tǒng)生物學(xué)方法，可以用來鑒定高度協(xié)同變化的基因集, 并根據(jù)基因集的內(nèi)連性和基因集與表型之間的關(guān)聯(lián)鑒定候補生物標記基因或治療靶點趁餐。
本教程詳細內(nèi)容在：WGCNA分析 | 你的數(shù)據(jù)結(jié)果真的是準確的嗎喷兼？？
「WGCNA的教程總匯」
01.加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析 (WGCNA）| 共表達網(wǎng)絡(luò)模塊構(gòu)建 |生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析必備技能
我們目前使用WGNCA分析最多的代碼后雷，應(yīng)該還是來自生信技能樹曾健明老師分享的教程一文看懂WGCNA 分析(來自生信技能樹)季惯。但是，在網(wǎng)絡(luò)上各類的教程非常多臀突，導(dǎo)致你可能使用不同的代碼跑WGCNA流程勉抓，獲得結(jié)果可能是有差異的，我在WGCNA分析候学，結(jié)果到底有多少迷藕筋？也提過。
但是最終有多少人自己認真的分析過自己的數(shù)據(jù)的呢盒齿？這就不知道了念逞，只能自己問自己了困食。最近，也有一部分的童鞋在咨詢WGCNA的教程翎承，以及提及自己的分析獲得的結(jié)果不符合預(yù)期值硕盹。對于這些問題，可以進行多方面的調(diào)整叨咖，如基因數(shù)量瘩例，表達豐度，軟閾值等等一系列的操作甸各。
「今天不同的方法跑了WGCNA數(shù)據(jù)的垛贤，結(jié)果如下∪で悖」
「method one:」
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「method two:」
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「method three:」
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<~ WGCNA分析本來就不是一個一次性就可以獲得結(jié)果的分析過程聘惦，需要不斷參數(shù)調(diào)整。
那么這么多分析教程儒恋，誰的結(jié)果才是正確的呢善绎？這也許就是個迷吧！今天的教程到這里就結(jié)束了诫尽。
「最后禀酱，做個統(tǒng)計。有多少同學(xué)想要獲得這些代碼的呢牧嫉？剂跟？？」
「對于WGCNA的結(jié)果你有什么感想呢酣藻？曹洽？哈哈哈哈哈.....(這是個有坑的問題！)」
「往期回顧：」
01-[R語言可視化-精美圖形繪制系列]--精美火山圖
[02-[R語言可視化-精美圖形繪制系列--柱狀圖](http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwODY5NDU0MA==&mid=2455848425&idx=1&sn=25b0645680690991c4c8d2df30246817&chksm=8cff1b8abb88929cc0d59153ab70995b73b3f57bdbbe37a7c609f7332376d51b37156e1edf07&scene=21#wechat_redirect)
[03-R語言可視化-精美圖形繪制系列--功能富集分析
[04-R語言可視化-精美圖形繪制系列—多組GO富集可視化
05-[R語言可視化-精美圖形繪制系列--堆積圖]
06-[R語言可視化-精美圖形繪制系列--組間相關(guān)性分析]
07-[R語言可視化-精美圖形繪制系列]--Mental分析
08-[R語言可視化-精美圖形繪制系列--復(fù)雜熱圖+兩圖漸變連線]-【轉(zhuǎn)載】
09-[R語言可視化-精美圖形繪制系列--呻担基圖（Sankey）]
10-[R語言可視化-精美圖形繪制系列--柱狀圖誤差線標記]11-跟著NC學(xué)作圖 | 柱狀圖與相關(guān)性圖12-[R語言可視化-精美圖形繪制系列--GO衣洁、KEGG富集通路關(guān)聯(lián)圖]
13-[跟著“基迪奧生物學(xué)”作圖]--截斷圖14-[R語言可視化-精美圖形繪制系列]--顯著性箱線圖
14-2[R語言可視化]--箱線圖不同的畫法及參數(shù)設(shè)置 | 學(xué)習(xí)筆記15-[R語言可視化-精美圖形繪制系列]--組內(nèi)相關(guān)性分析
16-[R語言可視化-精美圖形繪制系列]--主成分分析（PCA）
17-[跟著NC學(xué)作圖]--箱線圖（一個函數(shù)獲得Mean、SD抖仅、P值）
18-[跟著NC學(xué)作圖]--生存分析（Survival analysis）
19-[跟著NC學(xué)作圖]--散點圖20-[R語言可視化-精美圖形繪制系列]--散點圖+箱線圖組合圖
21-[跟著NC學(xué)作圖]-柱狀堆積圖22-[跟著NC學(xué)作圖]-繪制頻率分布圖（圖中圖）
22-[R語言可視化-精美圖形繪制系列]--FPI箱線圖
23-跟著NC做基因組數(shù)據(jù)分析24-使用OmicCircos包--繪制基因圈圖25-跟著iMeta學(xué)作圖 | 棒棒圖和顯著相關(guān)性散點圖26-跟著iMeta學(xué)作圖 | 三元相圖27-R語言精美圖形系列 | 愛心表白圖YYDS
小杜的生信筆記 坊夫，主要發(fā)表或收錄生物信息學(xué)的教程，以及基于R的分析和可視化（包括數(shù)據(jù)分析撤卢，圖形繪制等）环凿；分享感興趣的文獻和學(xué)習(xí)資料!!
