系統(tǒng)發(fā)育基因組分析 - 專題

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勺劢妫基圖——不同系統(tǒng)發(fā)育框架比較
寫畢業(yè)論文的時候老板提到要用一張圖表示分類系統(tǒng)的變化，于是像到用桑基圖來呈現(xiàn)這個變化的過程古瓤，具體操作步驟如下（越來越不喜歡寫注釋了，大家將就著看...

0.1 小黑采蘑菇 0 2
DiscoVista安裝
DiscoVista是一個可視化多物種樹的軟件腺阳，由python2編寫落君；大家在安裝的時候可以單獨(dú)構(gòu)建一個python2的環(huán)境。下載安裝包安裝r...

小黑采蘑菇 0 0

基因流檢測軟件Dsuite安裝教程
Dsuite軟件的網(wǎng)站在Github上亭引，GitHub - millanek/Dsuite: Fast calculation of Patter...

0.2 小黑采蘑菇 0 1
BUSCO安裝
之前有小伙伴反應(yīng)說是BUSCO很難安裝绎速，這里我們使用mamba來進(jìn)行安裝，首先安裝mamba 成功焙蚓！然后開始安裝busco纹冤，成功！記得每次使用...

0.2 小黑采蘑菇 0 1
統(tǒng)計單拷貝直系同源基因頻率
在進(jìn)行單拷貝直系同源基因構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹之前购公，我們會將一些出現(xiàn)頻率比較低的單拷貝直系同源基因過濾掉萌京，這就需要先統(tǒng)計頻率了，這個腳本使用find函數(shù)...

小黑采蘑菇 0 1
phytools祖先狀態(tài)重建
最近做了一個祖先狀態(tài)重建的工作宏浩，還是蠻有意思的知残。PS：需要說一下的是，RASP的祖先狀態(tài)重建主要是分布區(qū)重建比庄，用RASP的模型去做性狀重建會出現(xiàn)...

0.2 小黑采蘑菇 3 5
Mrbayes構(gòu)建貝葉斯樹復(fù)習(xí)
最近又重新構(gòu)建多片段的貝葉斯樹求妹，對這些參數(shù)又有了新的理解，在此記錄佳窑，以備查詢扒最。多線程安裝以前倒是寫過多線程的安裝，不過都比較繁瑣华嘹，參考貝葉斯...

0.1 小黑采蘑菇 0 2

Spades組裝中斷重啟
由于本人使用的服務(wù)器是大組公用服務(wù)器吧趣，所以經(jīng)常遇到斷網(wǎng)或者是死機(jī)的情況，spades的組裝時長非常久，經(jīng)常遇到組裝一整天然后突然斷掉的情況强挫，如果...

小黑采蘑菇 0 0
r8s計算分化時間
1. 下載與安裝我不知道為什么網(wǎng)絡(luò)上的下載路徑都被禁用了岔霸，所以我找了一個網(wǎng)上下載的地方r8s download | SourceForge.n...

0.2 小黑采蘑菇 1 4
MCMCtree計算分化時間
目前我知道的可以做物種分化時間計算的軟件主要有beast，beast2俯渤，r8s呆细，paml的mcmctree，還有Nagy論文中的PhyloBay...

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