論文 A latitudinal gradient of deep-sea invasions for marine fishes https:...

本文整理至ggtreeExtra文檔笨蚁，僅用于學(xué)習(xí) 作者：Shuangbin Xu and GuangChuang Yu鏈接：https://bi...

富集分析是生物醫(yī)學(xué)論文中非常常見的一類分析汇鞭，例如GO富集分析，Pathway富集分析等拷窜。其結(jié)果一般包括以下幾個要素：1陌宿，名字（GO term或者...

R Markdown 是Markdown在R中的延伸。除了具備一般Markdown 語法功能之外忱屑，最關(guān)鍵的是可以在Rmarkdown 中插入代碼...

熱圖（heatmap）在生信領(lǐng)域基本就是常規(guī)操作蹬敲，基本技能，入門操作莺戒。能畫熱圖的工具也有很多伴嗡，我自己常用的R包是pheatmap。 最近經(jīng)炒硬看見...

今天分享另外一個最近學(xué)習(xí)的一個畫圖的小技巧瘪校。 說到網(wǎng)絡(luò)圖的繪制，大家可能首先想到的是Cytoscape名段，它在生物學(xué)相關(guān)的領(lǐng)域應(yīng)用非常廣泛阱扬，我自己...

缮毂伲基圖麻惶，其實我用的不太多。最近常見還是在分析單細胞數(shù)據(jù)的時候信夫，展示細胞通訊用的比較多的一種類型的圖窃蹋。例如下面一張就是cellchat畫的一張桑基...

前面一個帖子我們學(xué)習(xí)了畫基本的PCA圖形静稻，但是是二維的警没，今天我們學(xué)習(xí)繪制三維的，因為在有些paper中看到作者放的是三維的振湾，其實也挺好看的惠奸。主成...

前面，我們仔細學(xué)習(xí)了Alpha多樣性的一些常見指數(shù)恰梢，今天我們嘗試用R來計算這些常用指數(shù)佛南。 library(vegan) library(pica...

今天學(xué)習(xí)繪制下面這個paper里面的一個圖梗掰。 從圖中，可以看出嗅回，圖片分成2個部分及穗，左邊是進化樹，右邊是類似氣泡圖绵载。 下面我們用一組簡單的文件進行...