富集分析是生物醫(yī)學(xué)論文中非常常見的一類分析马靠，例如GO富集分析奄抽，Pathway富集分析等蔼两。其結(jié)果一般包括以下幾個(gè)要素：1，名字（GO term或者KEGG description）逞度；2额划，該名字所包含的基因數(shù)目；3档泽，該名字所包含的基因與進(jìn)行富集分析的輸入基因的重疊數(shù)目俊戳；4，富集的P值馆匿、FDR值等抑胎。富集結(jié)果的常見繪圖方式包括：氣泡圖，條形圖渐北，弦圖等圆恤。今天我們利用circlize R包整合富集結(jié)果，繪制一個(gè)高大上的圈圖腔稀。
如圖1所示，從外到內(nèi)共4個(gè)track焊虏，中間的為圖例（從上到下依次為：分類淡喜，p值，上調(diào)或者下調(diào)）
1）分類track
相同顏色的為同一分類诵闭，例如黃色表示BP炼团，藍(lán)色表示MF，最外圈刻度表示總的基因數(shù)疏尿，10的次方表示瘟芝。總的基因數(shù)即圖2中所有黃色圈所包含的基因去重后的基因數(shù)褥琐，或者推薦使用比所有條目中基因數(shù)最大值更大的一個(gè)值（一般設(shè)置為整百或者整千）锌俱。
2）term里邊的基因數(shù)
矩形長(zhǎng)度表示該term中包含的基因數(shù)（例如GO:0031625這個(gè)term中包含306個(gè)基因），與最外圈的刻度成比例敌呈。矩形的顏色表示該term的富集p值（或者FDR值贸宏，q值等，經(jīng)過-log10轉(zhuǎn)化）磕洪，顏色越深表示P越小吭练。
3）重疊基因數(shù)
矩形長(zhǎng)度表示該term中包含的基因與進(jìn)行基因富集分析時(shí)所輸入的基因的重疊基因數(shù)。例如進(jìn)行富集分析的基因有500個(gè)析显，其中與GO:0031625中306個(gè)基因重疊的基因?yàn)?8個(gè)鲫咽。由于這個(gè)數(shù)字一般較小，因此矩形的長(zhǎng)度與該track中最的基因數(shù)成比例。一般我們要么使用up的基因分尸，要么使用down的基因進(jìn)行富集分析姊舵，因此這里僅一種顏色。
4）富集分?jǐn)?shù)bar
Bar的高度即第三個(gè)track里的基因數(shù)占第二個(gè)track里對(duì)應(yīng)基因數(shù)的比例（如圖2所示）寓落。數(shù)值范圍為0到1括丁，這里每個(gè)小圈表示0.2。
1伶选，打開繪圖頁面
首先史飞，使用瀏覽器（推薦chrome或者edge）打開富集圈圖繪制頁面。左側(cè)為常見作圖與分析導(dǎo)航仰税，中間為數(shù)據(jù)輸入框和可選參數(shù)构资，右側(cè)為描述和結(jié)果示例。也可以在主頁搜索框中搜索GO陨簇，找到繪圖頁面吐绵。
http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_go_pathway_circlize_plot_140
2，示例數(shù)據(jù)
點(diǎn)擊右側(cè)“示例數(shù)據(jù)”鏈接下載excel格式的示例數(shù)據(jù)河绽。
示例數(shù)據(jù)（僅供參考）包括7列：
第1列：GO或者KEGG條目ID己单。推薦使用ID，因?yàn)槊珠L(zhǎng)短不一耙饰，很難統(tǒng)一纹笼。
第2列：分類名」豆颍可以包含1類廷痘，2類，3類件已，或者4類笋额，例如單獨(dú)繪制KEGG通路富集結(jié)果；同時(shí)繪制GO-BP篷扩，KEGG兄猩；同時(shí)繪制BP、CC瞻惋、MF厦滤；甚至同時(shí)繪制BP援岩、CC歼狼、MF、KEGG享怀。同一分類放在一起羽峰，不要相互穿插。
第3列：總基因數(shù)∶诽耄總基因數(shù)即圖2中所有黃色圈所包含的基因去重后的基因數(shù)值纱，或者推薦使用比所有條目中基因數(shù)最大值更大的一個(gè)值。例如第4列中最大的數(shù)值是470坯汤，這里可以使用1200虐唠，用來從整體上控制第二個(gè)track的矩形長(zhǎng)度，是一個(gè)比較松散的值（一般設(shè)置為整百或者整千）惰聂。
第4列：數(shù)據(jù)庫中某term包含的基因數(shù)疆偿。在使用同一個(gè)數(shù)據(jù)庫版本的情況下，這個(gè)數(shù)值是固定不變的搓幌，例如GO:0010498里邊就包含470個(gè)基因杆故。
第5列：某term富集的p值（或者q值，F(xiàn)DR值等）溉愁。
第6列：做富集分析時(shí)輸入的基因與該term中包含基因的重疊基因數(shù)（見圖2）处铛。
第7列：第6列與第4列的比值（見圖2）。
3拐揭，粘貼示例數(shù)據(jù)
直接復(fù)制示例數(shù)據(jù)中的A-G列數(shù)據(jù)撤蟆，然后粘貼到輸入框。
注意：不是拷貝excel文件堂污，是拷貝excel文件里邊的數(shù)據(jù)枫疆。另外粘貼到輸入框后，格式亂了沒關(guān)系敷鸦，只要在excel中是整齊的就行息楔。并且數(shù)據(jù)矩陣中不能有空的單元格，中文字符等扒披。
4值依，修改參數(shù)，并提交
我們?cè)O(shè)置了圖片尺寸碟案，字體大小愿险，顏色，字體類型等參數(shù)价说，基本能滿足日常繪圖使用辆亏。如需更高級(jí)的定制，請(qǐng)聯(lián)系我們鳖目。
5，提交出圖
粘貼好輸入數(shù)據(jù)领迈，調(diào)整好參數(shù)（或者全部默認(rèn)）后彻磁，點(diǎn)擊提交按鈕碍沐，約8秒后，會(huì)在頁面右側(cè)出現(xiàn)預(yù)覽圖衷蜓。我們提供了4種圖片格式供下載使用，兩種矢量圖（pdf斋陪，svg）和兩種標(biāo)量圖（600 dpi?tiff和300 dpi?png）。
Tips：
1鳍贾，該圖最大限度地利用有限的空間展示更多的數(shù)據(jù)內(nèi)容。因此條目不能過多交洗，推薦總共30個(gè)以內(nèi)的GO和KEGG條目骑科，否則太擁擠。
2构拳，第4個(gè)track最大值默認(rèn)為1.0置森，可以修改成其他值斗埂，以整體上降低或者降低柱子的高度。
3凫海，一般我們使用up或者down的基因做富集分析呛凶，對(duì)于使用up+down富集結(jié)果不適合這個(gè)圖。
4行贪，對(duì)于DAVID等富集分析結(jié)果，各列的名字可能不一樣啰脚，需要根據(jù)數(shù)值代表的意思調(diào)整成示例數(shù)據(jù)即可橄浓。
沒有預(yù)覽就是沒有出圖宴猾，這時(shí)請(qǐng)參考示例數(shù)據(jù)，檢查自己輸入數(shù)據(jù)的格式。
遇到文字截?cái)嗳沓郏枰薷淖煮w戴已、調(diào)整字體大小等，使用科研作圖實(shí)操：用inkscape編輯svg矢量圖
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