背景： 染色質(zhì)和染色體的結構和功能 每一條染色單體由單個線性DNA分子組成。細胞核中的DNA是經(jīng)過高度有序的包裝，否則就是一團亂麻贸呢，不利于DNA...

MACS2是peak calling最常用的工具。 callpeak用法 這是MACS2的主要功能，因為MACS2的目的就是找peak，其他功能...

文檔鏈接：https://github.com/taoliu/MACS/MACS2是ChIP-Seq舒岸、ATAC-Seq、DNAsel-Seq等分...

第四周 2018— 06.11-06.17原文： chromVAR: Inferring transcription factor-associ...

Week24 — 人類原發(fā)性腫瘤的染色質(zhì)可及性圖譜-01上篇文章首先回顧了ATAC-seq方法的原理和優(yōu)點芦圾，以及與其他研究染色質(zhì)可及性方法的比較...

第24周 2018 — 10.28-11.3 原文鏈接：The chromatin accessibility landscape of pri...

這部分內(nèi)容包括對原始測序數(shù)據(jù)質(zhì)控，然后比對過濾，這是所有NGS數(shù)據(jù)處理的上游分析洪乍。 ATAC-Seq與其他方法不同的一點是需要過濾去除線粒體（如...

學習目標 學習用DiffBind流程評估兩個樣本間的差異結合區(qū)域 用PCA評估樣本間的關系 評估不同工具得到的差異peaks的一致性 評估差異p...

上一篇介紹了使用ChIPseeker對peaks的分布和鄰近基因的注釋岂贩。除此之外，下游分析通常還包括鑒定我們感興趣的蛋白質(zhì)結合的motif巷波；鑒定...