生物信息學(xué) - 專題

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RNA-seq入門實戰(zhàn)（十一）：WGCNA加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析——關(guān)聯(lián)基因模塊與表型
本節(jié)概覽1. WGCNA基本概念：定義堂污、關(guān)鍵術(shù)語饶火、基本流程、一些注意事項2. WGCNA運行：?輸入數(shù)據(jù)準備①判斷數(shù)據(jù)質(zhì)量笔诵，繪制樣品的系統(tǒng)聚類樹...

4.3 嘿嘿嘿嘿哈 1 64
STEP6:WGCNA相關(guān)性分析
因為樣本數(shù)量比較可觀笆搓，所以可以進行WGCNA分析勋又。這里是并不需要選取所有的基因來做WGCNA分析涯穷，挑選的標準可以是top變異程度大的基因集合，或...

12.0 六六_ryx 44 164 2

KEGG分析工具：pathview基本操作
什么是KEGG KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系統(tǒng)分析基因功能柱恤、基因組信息數(shù)據(jù)庫数初，...

5.0 周運來就是我 11 83
基因家族鑒定流程（二）用blast、mmseqs梗顺、diamond泡孩、hmmer搜索同源蛋白
本文章將介紹 ①類blast軟件blast、mmseqs寺谤、diamond仑鸥、hmmer的比較 ②blast、mmseqs变屁、diamond眼俊、hmme...

4.5 精神禿頭生信小伙兒 6 63
基因功能注釋
根據(jù)已有的蛋白庫，對從基因組上提取到的蛋白序列進行比對敞贡，從而獲得相應(yīng)的信息泵琳。常用的數(shù)據(jù)庫： Nr：NCBI官方非冗余蛋白數(shù)據(jù)庫摄职，包括PDB, ...

4.4 斬毛毛 10 41
如何從NCBI中獲得16S rRNA序列
NCBI收集了16S ribosomal RNA sequence誊役，可以進行下載：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db...

0.1 scdzzdw 1 0
測序數(shù)據(jù)基本信息統(tǒng)計 | reads,coverage,depth
00 寫在前面測序后公司交付數(shù)據(jù)時，一般會提供質(zhì)控后的clean data和后續(xù)的基礎(chǔ)分析結(jié)果谷市。因為可能需要自己來進行數(shù)據(jù)的預(yù)處理蛔垢，記得一定要...

5.4 fatlady 14 106

這或許是我寫的最全的BLAST教程
Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tbl...

10.4 xuzhougeng 4 184 1
fasta/fq文件處理萬能工具——Seqkit學(xué)習(xí)記錄
shenwei爪哥開發(fā)的處理Fasta/Fastq文件的萬能工具。之前處理fq/fa文件時花時間寫的一些腳本發(fā)現(xiàn)在seqkit里直接能一行命令就...

5.1 Dawn_WangTP 1 54
UpSetR：集合可視化神包
對于集合的可視化迫悠，第一時間想到的都是韋恩圖（venn diagram）鹏漆，一般集合不超過5個的時候，可視化效果還是不錯的但是一旦數(shù)據(jù)集增加，比如...

9.5 xuzhougeng 9 127