cellranger更新到6.0啦（全新使用教程）[http://www.reibang.com/p/5dca72a194b3]CellRan...
投稿
收錄了46篇文章 · 2人關注
-
cellranger 6.0
-
單細胞10X代碼學習1.VlnPlot 2.過濾 矩陣隨機抽樣 求比例 求每個基因在細胞中的比例 top50高表達的基因 挑選顏色 多個圖放一張 多個分辨率之間關系...
-
cellranger實戰(zhàn)2：非正常數(shù)據(jù)之僅有bam文件我所理解的cellranger軟件理想原始輸入數(shù)據(jù)就是SRA格式蹄葱，然后利用sra-tools分為read漫雷、barcode+UMI具帮、index三個...
-
（一文讀懂scRNA-Seq）到底要花多久時間才能看懂一套單細胞測序數(shù)據(jù)結果？先說我的態(tài)度。 最快的捷徑就是沒有捷徑，踏踏實實搞學問 我一直相信慢工出細活（當然我寫推文都不怎么想回頭檢查錯別字），要學習什么東西疚察，穩(wěn)扎穩(wěn)打才...
-
【單細胞轉(zhuǎn)錄組 實戰(zhàn)】二、上游分析SMART-SEQ2特點：基因數(shù)量還行仇奶，細胞數(shù)量不太多貌嫡。 這里是佳奧！讓我們開始吧该溯！ 從下載文章數(shù)據(jù)開始岛抄。SRA是測序數(shù)據(jù)下載，Suppleme...
-
【單細胞轉(zhuǎn)錄組 實戰(zhàn)】一狈茉、背景知識這里是佳奧夫椭！終于到了單細胞篇章，這將會是一個很長的系列氯庆，先前我們學習了R蹭秋，shell腳本以及轉(zhuǎn)錄組分析，有了這些基礎我們開始單細胞轉(zhuǎn)錄組的學習堤撵。...
-
CellRanger原理0. 概述 Cell Ranger 是 10X genomics 官方提供的一套針對單細胞 RNA 測序輸出結果進行比對仁讨、定量、聚類及基因表達分...
-
比對軟件STAR的使用
在之前的學習和練習里实昨，比對這一步我使用過bowtie2（DNA比對）和hisat2（RNA-seq比對）洞豁，現(xiàn)在學習另一個很火的軟件：STAR。S...
-
單細胞分析---擬南芥例子初體驗因為我是主要做植物的荒给，所以先找了個擬南芥的例子（A single-cell RNA sequencing profiles the develo...
-
單細胞分析seurat包學習筆記1本文參考Satija Lab的seurat 包族跛，網(wǎng)址https://satijalab.org/seurat 設置Seurat對象 在本教程中，...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1993244/1659285481.jpg', '推薦專題《Single-cell》（ 分享自 @簡書 ）','http://www.reibang.com/c/f960a7cef540?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁面編碼gb2312|utf-8默認gb2312'));){kind=link}