基因組組裝完成后猪杭，或者是完成了草圖，就不可避免遇到一個(gè)問題搂赋，需要對(duì)基因組序列進(jìn)行注釋赘阀。注釋之前首先得構(gòu)建基因模型，有三種策略： 從頭注釋(de ...
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如何對(duì)基因組序列進(jìn)行注釋 -
「基因組注釋」構(gòu)建重復(fù)序列數(shù)據(jù)庫
本文參考自Repeat Library Construction-Advanced脑奠，整體思路一致基公，但是所用軟件有所不同。 流程主要分析MITE和...
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RepeatModeler + RepeatMasker
在基因組注釋中第一步就是重復(fù)序列的屏蔽宋欺，目前常用的從頭注釋pipeline就是RepeatModeler + RepeatMasker轰豆。 1. ...
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「基因組注釋」MITE-Hunter鑒別基因組的MITE序列背景篇 MITE屬于II類非自主轉(zhuǎn)座因子，并且在真核生物中存在大量的拷貝齿诞。 MITE長(zhǎng)度大約是500bp酸休，并且擴(kuò)增速度非常快祷杈。2013年一篇發(fā)表...
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TE 注釋工具EDTA的安裝及使用EDTA（Extensive de novo TE Annotator）是一個(gè)可以從頭注釋全基因組中的TE并且評(píng)估已有TE庫注釋優(yōu)劣的工具包斑司。該...
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使用TEclass對(duì)TE一致性序列進(jìn)行分類軟件安裝 軟件地址在http://www.compgen.uni-muenster.de/tools/teclass/index.hbi?, 由...
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使用EDTA進(jìn)行TE注釋
一句話評(píng)價(jià)：重復(fù)序列注釋用EDTA就完事了。 簡(jiǎn)介 EDTA, 全稱是 Extensive de-novo TE Annotator, 一個(gè)綜合...
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