基因組分析 - 文集

今天介紹一個轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)的數(shù)據(jù)庫KnockTF筑悴，它提供了大量將轉(zhuǎn)錄因子（TF）敲出/低的人類表達(dá)譜數(shù)據(jù)集，以及轉(zhuǎn)錄因子的其他注釋信息较鼓，包括靶基因...

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LINCS(The Library of Integrated Network-Based Cellular Signatures)是NIH旗下...

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我們之前已經(jīng)介紹過如何《使用xcell根據(jù)表達(dá)譜推斷樣本組成細(xì)胞的類型》，具體思路就是根據(jù)已知細(xì)胞系的表達(dá)譜，計算每種類型細(xì)胞的特征基因表達(dá)沙热，然...

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WGCNA分析基于兩個假設(shè)：1.相似表達(dá)模式的基因可能存在共調(diào)控、功能相關(guān)或處于同一通路罢缸，2.基因網(wǎng)絡(luò)符合無尺度分布篙贸。基于這兩點枫疆，可以將基因網(wǎng)絡(luò)...

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之前介紹過如何批量爬取NCBI中基因詳細(xì)信息爵川，今天介紹爬取DailyMed指定藥物的數(shù)據(jù)。點擊查看：R語言批量爬取NCBI基因注釋數(shù)據(jù) 根據(jù)指...

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本期介紹一個控制熱圖顏色范圍并規(guī)定指定值顏色的小技巧养铸。使用的是R語言的pheatmap包雁芙，先生成隨機(jī)數(shù)據(jù)： data1如下：查看數(shù)據(jù)范圍： ...

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不管從哪個角度看我們都希望測序儀產(chǎn)出的數(shù)據(jù)中duplicate 率盡量低轧膘。怎樣降低 duplicate 率？構(gòu)建文庫時兔甘，核酸提取質(zhì)量要好谎碍，起始...

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腫瘤之間和腫瘤內(nèi)的遺傳異質(zhì)性是決定癌癥進(jìn)展和治療反應(yīng)的主要因素，同一患者個體身上的同一部位腫瘤內(nèi)存在的明顯差異洞焙。單核苷酸突變（SNV）和DNA拷...

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理解SNPs之間的聯(lián)系或連鎖不平衡（LD）模式對于單體型的選擇具有重要作用蟆淀，然而，對于密集的SNP圖譜澡匪，隨著區(qū)域內(nèi)SNPs數(shù)量的增加熔任，很難直接從...

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