LINCS(The Library of Integrated Network-Based Cellular Signatures)是NIH旗下的通過各種方式擾動細胞（如敲出纷妆、過表達某些基因丸边，但主要是藥物對細胞的影響）霞扬，然后對比細胞擾動前后細胞表達譜或其他的細胞進程的數(shù)據(jù)庫祸憋。
主要包含以下幾個庫：
基于CMap的L1000庫
????L1000數(shù)據(jù)庫中包含約1,000,000個表達譜，主要是使用32855個小分子對99個細胞系處理帕膜，然后在384孔板里測978個landmark基因的表達譜灭美。通過深度學習的方法剩胁，根據(jù)GEO數(shù)據(jù)庫已有的表達譜預測剩余12328個基因的表達量，官方說準確率>85%袱巨，但有些文章還是只使用978個真實基因表達譜數(shù)據(jù)阁谆。
Drug Toxicity Signature Generation Center(DToxS)
????DToxS先通過FEARS（FDA不良事件報告系統(tǒng)）搜索數(shù)百種藥物組合，發(fā)現(xiàn)了某些報告中第二種藥物能夠減緩第一種藥物的毒性愉老，他們假設可以使用這些觀察結果來提高預測藥物誘導的毒性和藥物對緩解的能力场绿。
????DToxS中心尋求 FDA批準的藥物引起的不良反應相關的細胞特征，以及通過聯(lián)合用藥來緩解這些影響嫉入。從來自不同細胞系獲得特征焰盗，既包括原代細胞，也包括誘導的多能干細胞咒林，使用單一藥物和組合藥物處理細胞系熬拒。重點關注的是藥物引起的心臟毒性，肝毒性和周圍神經(jīng)病變垫竞。
DToxS目前公布了的數(shù)據(jù)：
也給出了處理后的結果文件驹沿，也就是某個藥物處理后的差異表達基因列表：
Liver Toxicity Knowledge Base (LTKB)
????肝毒性庫根據(jù)已上市藥物狀態(tài)以及藥物標簽袁余，將藥物分為三類：137個高肝損傷藥物(most-DILI-concern)，85 個低肝損傷藥物(less-DILI-concern)，65個無肝損傷藥物(less-DILI-concern)冻辩，且提供了一個基于java的可視化軟件，用于查詢和預測已知結構藥物的肝損傷指數(shù)：
Drug Induced Liver Injury Rank (DILIrank) Dataset
????這個肝毒性藥物數(shù)據(jù)集除了上述的三個分類外蠢挡，還包含了一個未確定分類（Ambigous-DILI-concern）：
1. 192 vMost-DILI-concern drug
2. 278 vLess-DILI-concern drug
3. 312 vNo-DILI-concern drug
4. 254 Ambiguous-DILI-concern drug
信號和表觀遺傳學的LINCS蛋白質組學表征中心（PCCSE）
????30個藥物擾動7個細胞系惜辑，然后測磷酸化位點、組蛋白修飾譬正、RNA表達量來自L1000宫补。
HMS LINCS
????HMS描述了細胞對干擾素的反應的基本原理檬姥，特別是小分子激酶抑制劑，表觀基因組修飾劑和天然配體粉怕，如生長因子和炎性細胞因子的水平健民。目前的研究主要集中在理解劑量和反應之間的關系，細胞間變異的起源和意義贫贝，以及正常和疾病背景下藥物敏感性和耐藥性的分子基礎秉犹。
Microenvironment Perturbagen (MEP) LINCS Center
????MEP主要研究的是化合物對細胞微環(huán)境的改變，MEP-LINCS將使用新型微環(huán)境微陣列（MEMA）平臺來評估近3000種不同的微環(huán)境擾動（MEPs）組合對特定生物和分子的影響稚晚，如細胞包括增殖崇堵，分化狀態(tài)和細胞周期等。
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