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STEP9:確認(rèn)LNCRNA是否真的是lncRNA
lncRNA具有一系列獨(dú)特特性至非，這些特性與編碼蛋白質(zhì)的mRNA有或多或少的區(qū)別拾给。需要將鑒定出的新lncRNA與數(shù)據(jù)庫中的lncRNA以及蛋白質(zhì)編...
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STEP8:鑒定全新的lncRNA
這個時候已經(jīng)不是表達(dá)矩陣的事情了虹菲，要從新從fastq測序數(shù)據(jù)開始加酵。對測序后的fastq數(shù)據(jù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本的組裝朝群「疲基于組裝后的轉(zhuǎn)錄本径缅，通過數(shù)據(jù)庫注釋去...
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STEP6:WGCNA相關(guān)性分析因?yàn)闃颖緮?shù)量比較可觀掺栅，所以可以進(jìn)行WGCNA分析。這里是并不需要選取所有的基因來做WGCNA分析纳猪，挑選的標(biāo)準(zhǔn)可以是top變異程度大的基因集合氧卧，或...
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STEP5:差異表達(dá)的mRNA和lncRNA很明顯，得到了表達(dá)矩陣之后氏堤，根據(jù)上面的樣本信息沙绝，可以按照年齡，性別鼠锈，取樣部位來進(jìn)行分組找差異闪檬。可以參考：https://github.com/j...
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STEP4: 得到表達(dá)矩陣的流程SRA—>FASTQ—>BAM—>COUNTS 這幾個步驟而已购笆，中間穿插一些質(zhì)控的手段粗悯，每個步驟選擇好合適的軟件即可⊥罚可以參考：一個植物轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)...
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STEP3:了解參考基因組及注釋文件下載原始測序數(shù)據(jù)： 在GEO數(shù)據(jù)庫搜索GSE87182, 這里沒有直接給出ftp地址样傍，需要先從BioProject找到SRA號，可以得到RNA-...
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STEP2：文獻(xiàn)閱讀
“ Annotation and cluster analysis of spatiotemporal- and sex-related lnc...
