“ Annotation and cluster analysis of spatiotemporal- and sex-related lncRNA expression in Rhesus macaque brain”鹿鳖，這篇文章是2017年發(fā)表在Genome Research上的曙聂，文章主要講了lncRNA在普通獼猴腦的不同區(qū)域、不同年齡段及性別間的異質(zhì)性。
獼猴與人的DNA序列存在93%的相似性辜昵，2500萬(wàn)年前與人類有著共同的祖先，其基因組序列在2007年完成恃逻，是第二個(gè)完成測(cè)序的靈長(zhǎng)類（from wiki）,平均年齡25歲局装。作者測(cè)了 4個(gè)年齡段的恒河猴：1年（child），4年（Youth）摩幔，10年（Adult）和20年（Old）彤委； 8個(gè)腦組織區(qū)域包括：5個(gè)大腦皮質(zhì)區(qū)（PFC, PCC,TC,PC,OC）、2個(gè)海馬區(qū)（CA1和DG）和小腦(CB)或衡，兩種測(cè)序模式(RNA-seq and CAGE-seq)焦影，兩種性別，總計(jì)(4X8X2X2)128個(gè)樣本封断。
PS: 被中國(guó)克隆猴的成功刷屏了斯辰，順便看看此類猴與中中華華的種屬關(guān)系吧，此研究中的猴學(xué)名Macaca mulatta坡疼，通常所說(shuō)的普通獼猴或恒河猴彬呻，中中和華華的學(xué)名是Macaca fascicularis，即食蟹獼猴柄瑰，也稱長(zhǎng)尾獼猴）闸氮，都屬于獼猴屬（Macaca），不同的種教沾。
文章分析思路主要包括以下5方面：
1）差異表達(dá)分析：包括lncRNA與mRNA的差異蒲跨，以及 lncRNA在時(shí)間維度、腦皮質(zhì)不同區(qū)域和性別間的差異授翻；
2）共表達(dá)及聚類分析：WGCNA分析將3635 個(gè)lncRNA和7070mRNA分別分成18個(gè)lncRNA模塊和14個(gè)mRNA轉(zhuǎn)錄模塊或悲；由計(jì)算Pearson相關(guān)系數(shù)（PCC>=0.7,P-value<=0.01），共得到3,341,261共表達(dá)lncRNA-mRNA pairs堪唐，如有237個(gè)mRNAhe 93個(gè)lncRNA與MIAT共表達(dá)隆箩。
3）功能分析：對(duì)所有與lncRNA模塊相關(guān)的mRNA進(jìn)行GO和KEGG富集分析；
4）CAGE-Seq：分析lncRNA轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)（TSS）羔杨。
5）同源性分析：作者下載了NONCODE中 macaque（9,325）, gorilla（20,785）, human(141,353),mouse(117,405)的lncRNA數(shù)據(jù)，然后和macaque腦中的lncRNA進(jìn)行比較分析杨蛋。
具體方法：
質(zhì)控：FASTX-Toolit
比對(duì):TopHat2兜材，allowing two mismatches
組裝:Cufflinks
差異基因分析：edgeR
基礎(chǔ)知識(shí)補(bǔ)充：
CAGE-Seq (cap-analysis gene expression): 主要用于精確判斷啟動(dòng)子區(qū)域轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)理澎，還可用于用于研究RNA表達(dá)量。原理是首先通過(guò)隨機(jī)引物反轉(zhuǎn)錄曙寡，加生物素標(biāo)簽糠爬，抽取出加帽轉(zhuǎn)錄物的5‘端小片段，然后反轉(zhuǎn)為cDNA举庶。詳細(xì)介紹可以參考官網(wǎng)和illumina执隧。
https://www.illumina.com/science/sequencing-method-explorer/kits-and-arrays/cage-seq.html
NONCODE數(shù)據(jù)庫(kù)：NONCODE數(shù)據(jù)庫(kù)包括17個(gè)物種(human, mouse, cow, rat, chicken, fruitfly, zebrafish, celegans, yeast, Arabidopsis, chimpanzee, gorilla, orangutan, rhesus macaque, opossum platypus and pig)除了tRNA和rRNA的所有non-coding RNA, 支持多種ID格式搜索ncRNA的信息，還可以進(jìn)行ID轉(zhuǎn)換户侥，鑒定lncRNA, 下載功能镀琉，包括noncoding RNA的序列，lncRNA的class code, lncRNA 基因的bed格式等信息蕊唐，另外功能預(yù)測(cè)只支持人和鼠屋摔，疾病預(yù)測(cè)只支持人。
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